رفضت الجمعيات السياسية المعارضة في البحرين عرض الحكومة في إنشاء لجنة " تطبيق توصيات تقصي الحقائق الملكية " التي أنشأتها الحكومة وطالبوا عاهل البلاد حمد بن عيسى ال خليفة بإقالة الحكومة فورا، وقد أعرب وزير العدل الشيخ خالد بن علي آل خليفة عن "أسفه" للقرار. وقال النائب المستقيل عن جمعية الوفاق، جواد فيروز، في مؤتمر صحفي مساءالأحد 27نوفمبر 2011 إن هناك ستة مطالب ضرورية لتنفيذ توصيات لجنة تقصي الحقائق، أهمها "إقالة الحكومة وتشكيل لجنة من المعارضة والحكومة والمجتمع المدني فقط ومحاكمة المذنبين في عملية التعذيب، والإفراج الفوري عن المعتقلين والمحكومين خلال الأزمة بسبب الإحداث وإرجاع المفصولين عن العمل وعودة الطلبة المفصولين إلى الدراسة ومشاركة دولية." وأضاف فيروز بأن اللجنة المكونة من 20 عضوا يرأسها "رئيس مجلس الشورى، في حين أن عدد المعارضين فيه ثلاثة فقط، مما يعني عدم توازنها في اتخاذ القرارات، بل تم تحويلها إلى لجنة استشارية بدلا من إصلاح الخلل حسب توصيات اللجنة الملكية." وقال النائب المستقبل إن العالم "ينظر إلى البحرين والى تنفيذ التوصيات ويراقب أداء الدولة البحرينية في ذلك، من هذا المنطلق بأنه من الضروري مشاركة رقابة دولية على تطبيق تلك التوصيات،" وأكد بأن المشكلة في البحرين والأزمة الحالية هي "أزمة سياسية ودستورية وليست أمنية وعلى الحكومة حلها مع الأطراف المعنية." أما محمود القصاب، نائب الأمين العام للتجمع القومي، فقال إن الخيار الأمني "فشل خلال الثمانية الأشهر الماضية ومن الممكن إعادة الثقة بين الحكومة والمعارضة اعتمادا على مبادئ ولي العهد ووثيقة المنامة لاسيما أن التقرير أظهر براءة ساحة المعارضة من ارتباطها بإيران، وأصبح الحل الدستوري هو الأهم. من جانبه، أكد الشيخ خالد بن علي آل خليفة، وزير العدل والشؤون الإسلامية والأوقاف في البحرين، على أن صدور تقرير اللجنة البحرينية لتقصي الحقائق "يشكل محطة أساسية في تاريخ الوطن وذلك عبر تحديد ومعالجة آثار الأحداث المؤلمة التي مرت بها البلاد." ودعا وزير العدل البحريني الجميع ل"تحمل مسؤولياتهم تجاه تحقيق هذه التوصيات التي تُعد أمانة ومسؤولية وطنية لا يجوز التخلي عنها تحت أي مبرر،" وأضاف أنه "من المؤسف" أن تعلن جمعية الوفاق الوطني الإسلامية امتناعها عن المشاركة في اللجنة، "الأمر الذي يشكل تكرارا لمواقفها السلبية السابقة مثل الخروج من مجلس النواب ورفضها للحوار في إطار مبادرة ولي العهد ومن ثم خروجها من حوار التوافق الوطني ومقاطعتها للانتخابات التكميلية." أما حسن موسى الشفيعي، رئيس مرصد البحرين لحقوق الإنسان، فقد أكد على أهمية تقرير لجنة تقصي الحقائق الملكية في حل المشاكل السياسية في البحرين، وقال في مقابلة خاصة لموقع CNN العربية بأن التقرير "يمثل بداية مخرج للبحرين حكومة ومعارضة وشعباً، من المأزق السياسي والطائفي، من أجل استعادة العافية للحياة السياسية والاجتماعية." وشدد الشفيعي أن قيمة التقرير "تكمن في تطبيقه، وبالسرعة الممكنة، وعبر تعاون الجميع في ذلك سواء كانوا معارضة أو مؤسسات مجتمع مدني." واعتبر الشفيعي أن ما جاء في بيان لجنة تقصي الحقائق من حيثيات وتوصيات "أثبت حيادية اللجنة البحرينية المستقلة لتقصي الحقائق، ومهنية أعضائها واستقلالهم، وحرصهم على أن يكون التقرير شفافاً، كونه أحد أهم نقاط البداية لمعالجة الأخطاء التي تراكمت وأدّت إلى انزلاق البلاد في أتون مواجهات طائفية وسياسية." وأضاف: "آمل أن يكون التقرير فاتحة خير للبحرين وبوابة عبور لشعبها باتجاه مستقبل أكثر أمناً واستقراراً وحرية وتلاحماً اجتماعياً وحماية لحقوق الإنسان." وحذر الشفيعي من النظر إلى التقرير "بعين المصلحة الفئوية؛" أو على اعتبار أنه "جزء وحلقة من حلقات الصراع السياسي والطائفي؛ أو يستند إليه كوسيلة للتغالب بين فئات المجتمع أو بين المعارضة والسلطة. هنا يصبح التقرير أداة صراع، بدل أن يكون أداة حلّ للمشكلة." وأضاف: "ملك البحرين أمر بفتح التحقيق، متحملاً المسؤولية الوطنية والتاريخية أمام شعبه وأمام العالم، ليعرف الجميع الحقيقة، وليعيد الجميع إلى جادّة الوحدة والعدالة وكل القيم التي كادت أن تتسرب في ظل التوترات الطائفية والسياسية. وهذا يتطلب من معارضي التقرير في المقابل تقدير هذا الأمر، والقبول بتوصيات التقرير والبناء عليها، والمساهمة المخلصة في انجازها، والعمل بشكل متواز في بناء الوحدة المجتمعية، والمشاركة في البناء الوطني سياسياً عبر مصالحة تعيد الثقة بين الأطراف جميعاً، كما بين الطوائف أيضاً." وعن انتظار بعض أطياف المعارضة، وعلى رأسها حركة الوفاق، من التقرير تقديم بعض الحلول السياسية للأزمة وليس الجانب الحقوقي فقط قال الشفيعي: "هناك حاجة إلى حلول سياسية، ولكن لم يكن التقرير يستطيع أن يتحدث عن الموضوع السياسي في العمق لأنه خارج اختصاصه." وأضاف: "بيد أن القراءة السياسية للتقرير ممكنة ولا تغيب عن المعارضة أو الحكومة أو المتابع السياسي للوضع القائم. إن كل ما جرى يعتبر عملاً سياسياً وحقوقياً بامتياز، وان المصالحة الوطنية سياسياً تستدعي معالجة الأخطاء القائمة على الأرض تمهيداً لها كما هو مؤمل. أعتقد بأن إصلاح الوضع الحقوقي سيكون أفضل بوابة لحل الخلافات السياسية" على حد تعبيره.