في مايو 1997 حقق (محمد خاتمي) نصراً غير محسوب عندما فاز بالانتخابات الرئاسية، بفضل طروحاته الإصلاحية ودعم حركة الإصلاح المتنامية في إيران، والتي تطالب بتعديلات دستورية تحد من سلطات الولي الفقيه، وتدعم منح مزيد من الديموقراطية والحريات العامة. كان خاتمي أحد شبان الثورة الخمينية المتفانين بخدمتها، حيث كان مندوب الخميني والمسؤول عن مركز عمليات الإعلام الحربي خلال (الحرب العراقيةالإيرانية) ولكنه اليوم يقود حركة (الثاني من خرداد) وهي حركة تجمع الأحزاب المنادية بالإصلاح في إيران، ويعتبر أقوى رموزها بعد سجن كل من (مير حسين موسوي) و(مهدي كروبي)، وهذه الحركة أصبحت تجتذب الكثير من المثقفين في إيران، بل إن هناك قيادات إيرانية تقليدية باتت تتأثر بطروحات الحركة منهم (أكبر هاشمي رفسنجاني)، وبعض قيادات الحرس الثوري. لم يستطع (علي خامنئي) أن يئد حركة الإصلاح في مهدها، حيث لم يحسب أنها سوى حركة ولدتها الظروف الاقتصادية القاسية وستنتهي نتيجة تباين طروحاتها وتنافس أعضائها، ولكن المظاهرات التي اندلعت في عام 1999م وعمّت معظم المدن الإيرانية احتجاجاً على إغلاق (صحيفة سلام)، جعلت الخامنئي يفكر جدياً في القضاء على حركة الإصلاح، فرتب محاولة اغتيال فاشلة لأحد أهم قادة الإصلاح (سعيد حجاريان)، وعندما انطلقت مظاهرات 2003م أنزل خامنئي قوات (الباسيج) لمواجهتها، فكانت مواجهات دموية قتل فيها العديد من الطلاب العزّل، وواصل خامنئي تتبع قيادات الإصلاح فسجن معظمهم ونفى خارج البلاد بعضهم وكثير منهم مات في ظروف غامضة مثل (أحمد أذاري)، ومع ذلك لم يستطع خامنئي إطفاء جذوة الإصلاح مع أنه وخلال رئاسة (أحمدي نجاد) بلغ العنف غايته في قمع المطالبين بالإصلاح وقياداته، بل إن حركة الإصلاح في إيران اليوم تتمدد وتزداد قوة، حيث فاز الإصلاحيون في الانتخابات البرلمانية الحالية والتي جرت في فبراير 2016م، ويدعم الإصلاحيون الرئيس الحالي (حسن روحاني) مع أنه كان من المحسوبين على تيار المرشد الأعلى خامنئي. الخطر الذي يهدد ولاية الفقيه ليس في نمو حركة الإصلاح في إيران فقط فذلك حتمي لا محالة، ولكن الخطر يكمن في سلوك المرشد الأعلى علي خامنئي، حيث جعل معظم رجال الدين في إيران في قلق مستمر من التعبير عن أفكارهم التي لا تتفق مع منهج الولي الفقيه، فيميل للترصد والتجسس عليهم والسجن من خلال جهاز (الحرس الثوري)، وخامنئي فاق الخميني في ادعاء القدسية، فزعم أنه يلتقي بالإمام (محمد المهدي) ويختلي به ويتدارس معه، لذا فكل ما يقول هو مقدس وملزم للناس، سلوك الخامنئي جعله يتردد في تسمية خلف له كما فعل الخميني في حياته، فهو يخاف أن يكاد له مؤامرة تقصيه أو تقضي عليه، ويتردد في الأوساط الإيرانية أن الخامنئي لا يثق بأحد من المقربين له، بل إنه كثير الشك والريبة بل إنه رفض ترشح (حسن أحمد الخميني) لعضوية (مجلس الخبراء) خوفاً من بروزه معتمداً على ميوله الإصلاحية وسمعة جده الخميني. والخطر الآخر الذي يهدد ولاية الفقيه هو ضمور الاهتمام بها من فقهاء الشيعة خارج إيران وخصوصاً في العراق، حيث فشلت إيران في التأثير على فقهاء النجف في قبول ولاية الفقيه أو حتى عدم التعرض لها بالنقد، بل إن كثير من الفقهاء الذين كانوا يتحرجون من نقد ولاية الفقيه علناً أصبحوا يتعرضون لشخص علي خامنئي بالنقد. هذا الأمر سيفقد الولي الفقيه الدعم والقبول الشعبي من المجتمع الشيعي، وسيجعل من ولاية الفقيه تجربة فاشلة للحكم، لم تستطع أن تلبي تطلعات الشيعة في حكم عادل قادر على تحقيق تنمية اجتماعية واقتصادية.