أصدر الرئيس المصري محمد مرسي قرارا بالعفو عن جميع المعتقلين بما فيهم العسكريين منذ ثورة 25 يناير 2011 وحتى توليه السلطة في 30 يونيو 2012, وكانت لجنة «المحاكمين عسكريًا» التي شكلها مرسي بموجب القرار الجمهوري رقم 5 لسنة 2012، أوصت مؤسسة الرئاسة بالإفراج عن كل المتهمين في أحداث ثورة يناير وحتى 30 يونيو 2012، في تقريرها الأخير الذي رفعته للرئيس,وصدر قرار الرئيس بقانون يحدد العفو الشامل عن جميع المعتقلين خلال أحداث الثورة، بما فيها المظاهرات والاعتصامات.