أثارت "التسوية" المفاجئة لقضية "التمويل الأجنبي للجمعيات" انقسامات حادة بين السلطات المختلفة في "مصر بعد الثورة"، بعد أنباء عن دور مزعوم لجماعة "الإخوان المسلمون"، في الصفقة، في وقت حمل فيه قياديون بالجماعة الإسلامية الحكومة والقضاء مسؤولية تسوية تلك القضية. وزعم عدد من أعضاء مجلس الشيوخ الأمريكي أن تسوية القضية، التي ألقت بظلال من التوتر على العلاقات بين الولاياتالمتحدة ومصر، جاءت كنتيجة للقاءات التي عقدها هؤلاء الأعضاء مع قيادات بالمجلس الأعلى للقوات المسلحة، الذي يدير شؤون البلاد، ومشرعين في البرلمان، الذي تسيطر الجماعة الإسلامية على غالبية مقاعده. وسارعت جماعة "الإخوان المسلمون" للرد على تلك المزاعم بإبداء استغرابها تجاه ما ورد من أنباء في وسائل الإعلام المختلفة، حول توجيه جهات أمريكية الشكر إلى الجماعة على ما أسمته "موقفاً بناءً ومسئولاً"، من جانب الجماعة تجاه قضية المنظمات غير الحكومية. وقالت الجماعة، في بيان على موقعها الرسمي، إن ذلك "الشكر"، تم تأويله وقراءته في الإعلام المحلي على أساس أن جماعة الإخوان قد قامت بوساطة ما، أو بالتدخل لدى الجهات المصرية المعنية، أو الجهات التي تدير المرحلة الانتقالية لصالح رفع حظر السفر عن الأجانب المتهمين في هذه القضية. وقالت الجماعة، في بيان حصلت عليه CNN بالعربية، إنها "تنفي نفياً قاطعاً، أنها توسطت لصالح السماح لهؤلاء المتهمين الأجانب بالسفر، من قريب أو بعيد، كما أنها تستنكر بكل شدة أية ضغوط - داخلية أو خارجية - قد تكون مورست على الهيئة القضائية، التي كانت تنظر هذه الدعوى." كما أكد المتحدث باسم "الإخوان المسلمون"، محمود غزلان، رفض الجماعة للتصريحات التي أدلى بها السناتور الأمريكي، جون ماكين، والتي أشار فيها إلى "ضلوع" الإخوان في السماح للمتهمين في قضية "التمويل الأجنبي"، وبينهم 19 أمريكياً، بمغادرة مصر، بعد رفع أسمائهم من قوائم الممنوعين من السفر. ووصف غزلان تصريح ماكين بأنه "عار من الصحة، يهدف إلى الإساءة إلى الإخوان المسلمين، وتشويه صورتهم"، كما اعتبر أن "الإفراج عن المتهمين الأجانب والسماح لهم بالسفر، هو استمرار لطريقة النظام البائد المخلوع في إدارة البلاد، من حيث التفريط في سيادة البلاد، وكرامة الشعب، بل في الأمن القومي." وكان عدد من أعضاء مجلس الشيوخ الأمريكي، من بينهم السيناتور ماكين، الذي قام بزيارة مصر مؤخراً، على خلفية قضية "التمويل الأجنبي"، قد أصدروا بياناً عبروا فيه عن شكرهم "الدور البناء"، الذي قامت به جماعة الإخوان المسلمين، وحزبها السياسي "الحرية والعدالة"، مما ساعد على حل الأزمة. وقال المتحدث باسم جماعة "الإخوان المسلمون" إن "التحول المفاجئ من المواقف العنترية، التي صرح بها أفراد من المجلس العسكري، والوزيرة فايزة أبو النجا، ورئيس الوزراء (كمال الجنزوري) حيث قال إن مصر لن تركع، إلى الخضوع المهين لضغوط الولاياتالمتحدةالأمريكية، أمر يمرغ كرامة المصريين في الوحل." وأكد غزلان إدانة الجماعة للتدخل في أعمال القضاء، والضغط على القضاة وإحراجهم، سواء كان الضغط من الداخل أو من الخارج، وهو الأمر الذي دفعهم للتنحي، مطالباً بمحاسبة كل من مارس هذا العدوان، و مشيرا إلى أن الإخوان "يقدرون موقف القضاة الشرفاء، الذين آثروا التنحي، عن الخضوع للضغوط، أو مخالفة الضمير."
