أثارت "التسوية" المفاجئة لقضية "التمويل الأجنبي للجمعيات" انقسامات حادة بين السلطات المختلفة في "مصر بعد الثورة"، بعد أنباء عن دور مزعوم لجماعة "الإخوان المسلمون"، في الصفقة، في وقت حمل فيه قياديون بالجماعة الإسلامية الحكومة والقضاء مسؤولية تسوية تلك القضية. وزعم عدد من أعضاء مجلس الشيوخ الأمريكي أن تسوية القضية، التي ألقت بظلال من التوتر على العلاقات بين الولاياتالمتحدة ومصر، جاءت كنتيجة للقاءات التي عقدها هؤلاء الأعضاء مع قيادات بالمجلس الأعلى للقوات المسلحة، الذي يدير شؤون البلاد، ومشرعين في البرلمان، الذي تسيطر الجماعة الإسلامية على غالبية مقاعده. وسارعت جماعة "الإخوان المسلمون" للرد على تلك المزاعم بإبداء استغرابها تجاه ما ورد من أنباء في وسائل الإعلام المختلفة، حول توجيه جهات أمريكية الشكر إلى الجماعة على ما أسمته "موقفاً بناءً ومسئولاً"، من جانب الجماعة تجاه قضية المنظمات غير الحكومية. وقالت الجماعة، في بيان على موقعها الرسمي، إن ذلك "الشكر"، تم تأويله وقراءته في الإعلام المحلي على أساس أن جماعة الإخوان قد قامت بوساطة ما، أو بالتدخل لدى الجهات المصرية المعنية، أو الجهات التي تدير المرحلة الانتقالية لصالح رفع حظر السفر عن الأجانب المتهمين في هذه القضية. وقالت الجماعة، في بيان حصلت عليه CNN بالعربية، إنها "تنفي نفياً قاطعاً، أنها توسطت لصالح السماح لهؤلاء المتهمين الأجانب بالسفر، من قريب أو بعيد، كما أنها تستنكر بكل شدة أية ضغوط - داخلية أو خارجية - قد تكون مورست على الهيئة القضائية، التي كانت تنظر هذه الدعوى." كما أكد المتحدث باسم "الإخوان المسلمون"، محمود غزلان، رفض الجماعة للتصريحات التي أدلى بها السناتور الأمريكي، جون ماكين، والتي أشار فيها إلى "ضلوع" الإخوان في السماح للمتهمين في قضية "التمويل الأجنبي"، وبينهم 19 أمريكياً، بمغادرة مصر، بعد رفع أسمائهم من قوائم الممنوعين من السفر. ووصف غزلان تصريح ماكين بأنه "عار من الصحة، يهدف إلى الإساءة إلى الإخوان المسلمين، وتشويه صورتهم"، كما اعتبر أن "الإفراج عن المتهمين الأجانب والسماح لهم بالسفر، هو استمرار لطريقة النظام البائد المخلوع في إدارة البلاد، من حيث التفريط في سيادة البلاد، وكرامة الشعب، بل في الأمن القومي." وكان عدد من أعضاء مجلس الشيوخ الأمريكي، من بينهم السيناتور ماكين، الذي قام بزيارة مصر مؤخراً، على خلفية قضية "التمويل الأجنبي"، قد أصدروا بياناً عبروا فيه عن شكرهم "الدور البناء"، الذي قامت به جماعة الإخوان المسلمين، وحزبها السياسي "الحرية والعدالة"، مما ساعد على حل الأزمة. وقال المتحدث باسم جماعة "الإخوان المسلمون" إن "التحول المفاجئ من المواقف العنترية، التي صرح بها أفراد من المجلس العسكري، والوزيرة فايزة أبو النجا، ورئيس الوزراء (كمال الجنزوري) حيث قال إن مصر لن تركع، إلى الخضوع المهين لضغوط الولاياتالمتحدةالأمريكية، أمر يمرغ كرامة المصريين في الوحل." وأكد غزلان إدانة الجماعة للتدخل في أعمال القضاء، والضغط على القضاة وإحراجهم، سواء كان الضغط من الداخل أو من الخارج، وهو الأمر الذي دفعهم للتنحي، مطالباً بمحاسبة كل من مارس هذا العدوان، و مشيرا إلى أن الإخوان "يقدرون موقف القضاة الشرفاء، الذين آثروا التنحي، عن الخضوع للضغوط، أو مخالفة الضمير." إلى ذلك، وصف محامي جماعة "الإخوان المسلمون"، عبد المنعم عبد المقصود، السماح للأمريكيين المتهمين في قضية التمويل الأجنبي بالسفر، بأنه "خطوة مذلة، فيها ركوع وهوان أمام أمريكا"، كما وصف تسوية القضية بأنها "استنساخ مزري لنظام مبارك، الذي كان من أهم سماته الركوع أمام أمريكا." وطالب عبد المقصود مجلس القضاء الأعلى، والجمعية العمومية لمحكمة استئناف القاهرة، أن تجري "تحقيقاً سريعاً وناجزاً وشفافاً، يتم عرضه على الرأي العام، كما شدد على "ضرورة مساءلة المستشار عبد المعز إبراهيم، رئيس محكمة استئناف القاهرة، عما ارتكبه. وقال المحامي الإخواني: "كان هناك مخطط خارجي على مدار عقود لتلطيخ القضاء المصري وتركيعه، وللأسف أن يأتي هذا التركيع الآن من داخل مرفق القضاء"، وتابع قائلاً: "على الجميع أن يعلم أن في مصر قضاة مستقلين، ولكن للأسف لا نملك نظاماً قضائياً مستقلاً." كما طالب عبد المقصود بإقالة وزير الطيران المدني، حسين مسعود، الذي سمح بهبوط طائرة أمريكية دون ترخيص، في مطار القاهرة، في سابقة هي الأولى من نوعها، في إشارة إلى الطائرة العسكرية التي أقلت المتهمين الأمريكيين إلى بلدهم. وكان المستشار عبد المعز إبراهيم، قد أكد في وقت سابق، أن إخلاء سبيل المتهمين في القضية، بضمان مالي قدره مليوني جنيه، أي حوالي 330 ألف دولار، لكل منهم، جاء على اعتبار أن الوقائع المتهمين فيها تمثل "جنحة"، وليست "جناية"، وأن العقوبات المحتملة بحقهم لا تتعدى الغرامة المالية. كما كشف رئيس محكمة استئناف القاهرة عن أنه شخصياً من طلب من المستشار محمد شكري، رئيس الدائرة التي كانت تنظر القضية بمحكمة جنايات شمال القاهرة، "التنحي" عن نظر القضية، نظراً لأن أحد أبنائه، يعمل محامياً في مكتب للاستشارات القانونية، له علاقة بالسفارة الأمريكية. وكانت تقارير رسمية قد ذكرت، في وقت سابق الأربعاء، أن المستشار شكري تقدم بمذكرة إلى رئيس محكمة استئناف القاهرة، أثبت فيها تنحي هيئة المحكمة بالكامل عن استكمال نظر القضية، بداعي "استشعار الحرج"، دون أن تورد مزيداً من التفاصيل.