تجري وكالة شؤون المسجد النبوي الشريف جملة من أعمال التعقيم داخل أروقة المسجد النبوي، كما تجري مسحات دورية على الأسطح الجافة لقياس نسبة البكتيريا عليها. ويتم هذا الإجراء بشكل دوري للتأكد من تعقيم جميع الأسطح وأنها في الحد المسموح بها. ويأتي ذلك ضمن الإجراءات الاحترازية المتبعة خلال جائحة فيروس كورونا الجديد، حيث تقوم وكالة الرئاسة العامة لشؤون المسجد النبوي ممثلة بإدارة تطهير سجاد المسجد النبوي التابعة للإدارة العامة لشؤون الخدمية بتعقيم المسجد النبوي للمصلين. أكد مدير الإدارة العامة للشؤون الخدمية فوزي بن عبدالهادي الحجيلي أن الإدارة قامت بتكثيف تعقيم المصليات داخل أروقة المسجد النبوي من خلال أجهزة التعقيم الحديثة بمواد ذات فاعلية في تعقيم الأسطح والأرضيات والممرات والأبواب من الداخل إضافة إلى كراسي كبار السن بذات الأجهزة الحديثة، كما يتم تعقيم الأقسام النسائية بعد إغلاقها في الفترة الليلية لتهيئتها قبل صلاة الفجر باستمرار.