أبدت ثلاث جهات حكومية بجدة ملاحظات واسعة على مسار قطار الحرمين الذي يمر بمدينتهم عبر الجزيرة الوسطى لطريق الحرمين السريع بشرق جدة. وسجل تقرير مشترك للمرور والأمانة وهيئة الطيران المدني 42 ملاحظة على موقع المحطة الرئيسية للقطار بحي النسيم ومسار القطار بشكل عام بدءًا من حي الروابي جنوبا وحتى مطار الملك عبد العزيز شمالا بطول يقارب 40 كيلو مترا. وطالب التقرير، بنقل المسار وتعديله لأن ذلك سيسبب الكثير من الاختناقات المرورية بالمدينة على عكس المتوقع، وزيادة تكلفة المشروع نتيجة تعديل المسارات ونقل الجسور ونزع الملكيات، والمخاطر الجسيمة لعبوره بمجاري السيول. يأتي ذلك في الوقت الذي أعلنت فيه وزارة النقل عن نيتها المضي قدما في تنفيذ المشروع، مبررة في ردها على تلك الملاحظات أن المسار تم تحديده بعد دراسات مضنية، وأنها قادرة على تذليل كافة العقبات التي تنشأ من التنفيذ على أرض الواقع بأقل تكلفة ووفقا للمدى الزمني المحدد.