قالت وزارة التربية والتعليم بأنه ستطبق عقوبات على بعض المدارس الأهلية والأجنبية المخالفة لمشروع فصل البنين عن البنات بالصفوف الأولية، تصل إلى الملاحقة وسحب صلاحية التدريس بها. وقد أبلغت التربية ملاك تلك المدارس الأهلية والأجنبية المنفذة للمشروع، بأنها سوف تتابع وتراقب مدى التزام تلك المدارس بالشروط المقررة في توجيهات نائب وزير التربية والتعليم لتعليم البنات نورة الفايز في وقت سابق. حيث صدرت تعليمات للمشرفات التربويات الزائرات للترصد والمتابعة لتنفيذ المشروع بالمدرسة الأهلية أو الأجنبية خلال الزيارة الميدانية وفي حال وجود مخالفة، توثق في سجل الزيارات المتوفر بإدارة المدرسة "خطيا" والتوقيع عليه، يليه توقيع إدارة المدرسة والمالك على ذلك، وطالبت التوجيهات أن يحرر مدير التربية والتعليم "تنبيها" كتابيا لمالك المدرسة المخالفة في حال لم يلتزم بما نصت عليه التعليمات والشروط المطلوبة لتنفيذ المشروع خلال شهر من رصد الملاحظات عليه، مؤكدة على أهمية توجيه إنذار لمالك المدرسة المخالفة بسحب الموافقة على تدريس الصفوف الأولية من الطلاب الذكور بأقسام البنات. وفي حالة لم تفلح في ردع إدارة المدرسة المخالفة، فإن إدارة التربية والتعليم التي تشرف على المدرسة، ملزمة بالرفع للإدارة العامة للتعليم الأهلي والأجنبي بذلك، للعرض على صاحب الصلاحية بالوزارة، لإيقاف تدريس الصفوف الأولية من الطلاب الذكور بأقسام البنات نهائيا. وكانت "التربية" اشترطت الموافقة على تدريس الأولية بقسم البنات على ضرورة الفصل بين "البنين والبنات" بالصفوف الأولية، بحيث يكون كل منهما في فصول منعزلة، وهو ما ينطبق على أوقات الاستراحات ودخول دورات المياه وغيرها، مؤكدة تشكيل فريق علمي بحثي للتأكد من نجاح تجربة تدريس المعلمات للصفوف الأولية «بنين وبنات» في المدارس كافة، في ظل تأييد من أولياء الأمور لتدريس المعلمات لطلاب الصفوف الأولية في هذه المرحلة العمرية، ملمحة إلى وجود لبس وغموض حول فهم المجتمع لآلية تدريس المعلمات للصفوف الأولية "بنين وبنات".