اتخذت الأجهزة المصرية إجراءات أمنية غير مسبوقة، لتأمين محاكمة مرسي وعدد من رموز نظام حكمه، وتمثلت هذه الإجراءات في انتشار أمني واسع، نصب أكمنة متعددة، حملات تفتيش في شوارع القاهرة، وتشديد الإجراءات الأمنية في مطار القاهرة لمنع تسلل المتطرفين إلى داخل البلاد. وجاء تحرك أجهزة الأمن استباقا لخطط إخوانية تهدف إلى إثارة الفوضى من خلال استمرار التظاهرات في البلاد وتكثيفها مع بدء المحاكمة وحتى 19 نوفمبر موعد مباراة كرة القدم مع غانا، لإرهاق أجهزة الأمن وتشتيت جهودها. وتثور خلافات بين أجهزة الأمن حول حضور الرئيس المعزول إلى قاعة المحاكمات فيما رأت بعضها عدم إحضاره تحسبا لمخططات أنصاره لاقتحام قاعة المحكمة والسعي لإطلاق سراحه وبقية المحتجزين، غير أن هناك اتجاها غالبا يتمسك بحضوره كونها الجلسة الأولى للقضية ولا يجوز «قانونا» تغيب أي من المتهمين إلا لأسباب قهرية مثل المرض والهروب للخارج.. وكانت حجة هذا الرأي أن إرجاء المحاكمات يعطي مؤشرا أمام الخارج والرأي العام الداخلي على عدم جدية المحاكمات، وعلى أن الأوضاع غير مستقرة، وضعفها في مواجهة الجماعة. وبدأت قوات الأمن في الانتشار الكبير على جميع الطرق عبر تعدد الأكمنة وتنفيذ تعليمات بالحيلولة دون وصول أي من عناصر جماعة الإخوان بالمناطق المحيطة بمقر المحاكمات. وتقرر نقل مرسي من مقر احتجازه إلى مقر عقد المحاكمة عبر طائرة عسكرية تابعة للقوات المسلحة، التي ستكون مسؤولة عن نقله وعدد من المتهمين من بينهم أحمد عبدالعاطي مدير مكتب رئيس الجمهورية ونائب رئيس الديوان، وباقي المجموعة التي تم اعدادةالتحفظ عليها. إلى ذلك، أكدت مصادر أمنية في مطار القاهرة تشديد الإجراءات الأمنية الاحترازية على عدة جنسيات عربية لمنع دخول أية عناصر منتمية لتنظيمات متطرفة لمصر للانضمام لتنظيم الإخوان. وقالت إن هذه الإجراءات أسفرت عن منع دخول العشرات من العرب الذين تم ترحيلهم خارج البلاد بينهم ستة سوريين، ثلاثة عراقيين، ثلاثةيمنيين، وأربعة فلسطينيين.