بعد إعلان عزمها على تشكيل (لجنة تحقيق قضائية) لكشف ملابسات الهجوم الدامي على السفن التي كانت تنقل مساعدات إلى قطاع غزة، كانت إسرائيل الأربعاء لا تزال تنتظر الضوء الأخضر من الإدارة الأمريكية لتشكيل هذه اللجنة. وأعلن رئيس الحكومة الإسرائيلية بنيامين نتنياهو أن إسرائيل «تتشاور مع أعضاء في المجتمع الدولي بشأن عملية التحقيق التي ستتيح كشف بعض الوقائع المتعلقة بالأسطول» الذي كان متوجها إلى غزة. وفي حين كانت وسائل الإعلام الإسرائيلية تشير إلى خلافات في وجهات النظر بين إسرائيل والإدارة الأمريكية حول تشكيلة هذه اللجنة والمهمات التي ستناط بها، أعلن الرئيس الأميركي باراك أوباما أنه يتوقع من إسرائيل أن تلتزم بطلبات مجلس الأمن بشأن التحقيق وذلك بعيد لقائه رئيس السلطة الفلسطينية محمود عباس في البيت الأبيض. وكان الأمين العام للأمم المتحدة بان كي مون اعتبر الثلاثاء أن «مشاركة دولية ذات صدقية هي أمر أساس بهدف (إجراء) تحقيق سريع وجدير بالثقة وحيادي وشفاف» حول الهجوم الذي وقع في 31 مايو (أيار). ونقلت وسائل الإعلام الإسرائيلية أن نتنياهو يسعى إلى تجنب تشكيل لجنة تحقيق دولية واختار تشكيل لجنة تحقيق قضائية تكون مهماتها محددة بالجوانب القانونية للهجوم وللحصار ولكن مع إمكان إدخال تركيبة أجنبية إليها. ولم يتخذ الوزراء السبعة الأساسيون الذين يشكلون الحكومة الأمنية الإسرائيلية، موقفا رسميا بعد من هذه اللجنة إلا أنهم أعطوا الضوء الأخضر لتخفيف الحصار البري على قطاع غزة. من جهته، كلف الجيش الإسرائيلي جنرال الاحتياط غيورا ايلاند الإشراف على (فريق من الخبراء) يتألف من جنرالات احتياط يقدم تقريره قبل الرابع من يوليو (تموز) حول الهجوم الإسرائيلي.