تجاوز الرئيس الإيراني أحمدي نجاد سلطات المرشد علي خامنئي عندما وجه رسالة انتقادية إلى محمود هاشمي رئيس لجنة تسوية الخلافات بين السلطات الثلاث (رئاسة الجمهورية والبرلمان والسلطة القضائية) دعاه إلى ضرورة إلغاء مشروع أقره البرلمان في السابق يتعلق بالسماح لأجهزة الأمن أن تراقب سلوكيات البرلمانيين داخل البرلمان وخارجه وأن تقوم بإلغاء الحصانة الدبلوماسية عن البعض إذا ثبت انحرافه عن الواجب) وكان هذا المشروع قد خضع إلى موافقة من قبل المرشد خامنئي قبل التصويت عليه داخل البرلمان وقال الرئيس نجاد في رسالته إلى محمود شاهرودي: إن هذا المشروع سيؤدي إلى التفرقة داخل المجتمع لأنه سيقوم بإلغاء الحصانة الدبلوماسية عن البعض من النواب وإثباتها للآخرين اعتراض الرئيس نجاد على هذا المشروع هو تدخل بين السلطات قد يؤدي إلى محاسبة الرئيس نجاد من قبل السلطة القضائية) وكان ممثل المرشد خامنئي في صحيفة كيهان قد انتقد الرئيس نجاد وقال: إنه وبدلا من معالجة مشكلة الفساد الاقتصادي وارتفاع الأسعار للحاجات الضرورية يقوم الرئيس نجاد بالتدخل في موضوعات ليست من صلاحيته وأضاف حسين شريعتمداري: إن البرلمان الإيراني ليس دائرة تحت سلطة الرئاسة حتي يقوم الرئيس نجاد بتوجيه الملاحظات وإنما هو سلطة رئيسية في البلاد وأن الرئيس نجاد تجاوز صلاحياته عندما أرسل رسالة إلى رئيس لجنة تسوية المشكلات بين السلطات الثلاث والحال إن هذه اللجنة ليس من صلاحيتها بحث هذه الأمور وإنما تتعلق تلك القضايا بمجلس صيانة الدستور). ويعتقد خبراء إيرانيون بأن رسالة الرئيس نجاد الأخيرة ستدب الحرارة مجددا في دائرة الخلافات بين زعماء السلطات الثلاث في إيران ويشير الخبراء إلى أن الرئيس نجاد يسعى ومن خلال الأيام الأخيرة لرئاسته إلى سلوك طريق المعارضة الإصلاحية وتنفيذ مطاليب الرئيس الإصلاحي محمد خاتمي الذي دعا إلى توسيع صلاحيات رئيس الجمهورية ويشجع الرئيس نجاد على ذلك حصول أنصاره داخل البرلمان على 100 مقعد وهو رقم لا يمكن الاستهانة به وهذا الأمر هو الذي شجع أنصار الرئيس نجاد داخل البرلمان على معارضة تجديد الرئاسة لعلي لاريجاني فقد ذكرت مصادر إيرانية ل(الجزيرة): بأن الكتل الأصولية لم تتوصل إلى قرار نهائي بالإبقاء على علي لاريجاني رئيسا للبرلمان للدورة الثانية.
