مع اختتام محادثات سويسرا، ظهرت خلافات عدة بين أعضاء وفد الانقلابيين حيث تعمد أنصار الحوثي إظهار حزب المخلوع كميليشيات مسلحة وعملوا على تهميش دور ممثليه في المحادثات. فكواليس المحادثات أظهرت انقسامات حادة بين أعضاء فريق الانقلابيين على عدة مستويات، فمن التنازع على رئاسة الوفد بين عارف الزوكا المؤتمري الذي أعلن في وقت سابق أنه رئيساً للوفد، إلى محمد عبدالسلام الناطق باسم المتمردين الذي فرض نفسه رئيساً للوفد بقوة جماعته ووضع المؤتمريين أنصار المخلوع في حالة تبعية. انقسام على صعيد آخر داخل صفوف أنصار المخلوع في الوفد، بين ياسر العوضي الذي حرص على أن يحتفظ لحزبه بالطابع السياسي وتحقيق تقدم بشأن بناء جسور الثقة، لكن الدكتور أبوبكر القربي زميله في الحزب ووزير الخارجية الأسبق أظهر تحيزاً إلى المتمردين الحوثيين من خلال حديثه حول المطالبة برفع الحصار عن تعز، حيث اعتبر حصار تعز مجرد ضجة إعلامية ما استفز رئيس الفريق الحكومي. حالة من الارتباك والارتياب ظهرت على القيادي الحوثي محمد عبدالسلام عندما تعرض لأسئلة حول مصير وسلامة المعتقلين فألقى اللوم عليه والمسؤولية على جماعته المتمردة بشأن مصير المعتقلين، حيث أظهرأنصار المخلوع في الوفد تنصلهم من مسؤولية الحرب وتبعاتها، فيما يتعلق بالمعتقلين وحصار تعز، كما وضعوا ممثلي الحوثي في واجهة المسؤولية عن الحرب ليلعب أنصار صالح دور الوسيط بين الحوثي والوفد الحكومي في المحادثات باستثناء القربي. هذا الدور إلى جانب الضغط الدولي، دفع بمهدي المشاط مدير مكتب زعيم المتمردين إلى الخروج عن اللياقة في التخاطب مع المبعوث الأممي ما أثار استياء في أروقة قاعة المحادثات وعزز من أطروحة الوفد الحكومي بأن فريق الانقلابيين يحمل أجندات ولايملك سلطة اتخاذ القرار فيها، وهي نقطة أخرى أثارت الخلافات بين أنصار المخلوع والمتمردين اللذين نجحوا في تقديم حزب المؤتمر كميليشيات مسلحة لا علاقة لها بالسياسة.