يحكي فيلم ويندي وأخويها عن عائلة «دارلنج» المكونة من الأب «جورج» والأم «ميري» و الأولاد «ويندي» و «جون» و «مايكل» الذين يقطنون أحد القصور في لندن، فيما تقع مشاكل كبيرة بين الأب والأم تجاه «ويندي» التي أصبحت في سن المراهقة. ومع ذلك مازالت «ويندي» تقرأ القصص الخيالية على أخويها «جون» و«مايكل» اللذين تأثرا بها وأصبحا يطبقانها، كقصة «بيتر بان» ،الولد الذي يطير ويعيش في أرض الأحلام مع الأولاد التائهين والهنود الحمر وحوريات البحر القراصنة بزعامة الشرير هوك والذي قطع يده بيتر بان. هنا قرر الأب «جورج» أنه لابد أن تكبر ويندي، وأن يكون لديها غرفتها المستقلة بينما ويندي لا تريد أن تكبر حتى تعيش طفولتها للأبد دون تحمل أية مسؤولية. وأثناء خروج الأب والأم لحضور إحدى الحفلات، وبينما كان الأولاد نائمين، ظهر بيتر بان بصحبة «تينكربيل» ودخل من خلال النافذة ليلاحق «ظله»، وهنا استيقظت «ويندي» لتكتشف أن بيتر بان حقيقة و ليس خيالا وساعدته على خياطة «ظله». وعرف بيتر بان قصة خلافات ويندي مع عائلتها فعرض عليها أن تذهب معه الى «أرض الأحلام - نيفرلاند» ولكن ويندي ترددت كثيرا وبعد مداولات قررت ويندي وأخويها أن يعيشوا في أرض الأحلام حتى لا يكبروا أبدا. وفي أرض الأحلام رأت ويندي وأخويها ما تخيلوه تماما، وعرّف بيتر بان الأولاد التائهين بويندي التي جعلها أماً لهم. وفي هذه الأثناء كان القرصان «هوك» و مساعده «سمي» يدبران خطة لكي يقضي على بيتر بان انتقاما منه على قطع يده و المشكلة أنه لا يعرف مكانه في أرض الأحلام حيث بحث عنه في كل مكان، وتحدث عدة مناوشات بين بيتر بان والقراصنة من بعيد. وهنا اشتعلت نار الغيرة في «تينكربيل» حيث قامت «ويندي» بسحب الأضواء تجاهها فتركتهم، بعد ذلك قام «هوك» بمصيدة لكي يوقع ب«بيتر بان» وكان ذلك باختطاف ابنة زعيم الهنود الحمر «تايجر ليلي» و بالفعل تم اختطافها لكي يعتقد الهنود الحمر أن المختطفين هم الأولاد التائهون وهنا يحدث سوء تفاهم فيقوم الهنود الحمر باختطاف الأولاد التائهين بما فيهم «جون» و «مايكل». واحتفل الهنود الحمر بعودة «تايجر ليلي» مع «بيتر بان» و «ويندي» و «جون» و «مايكل» و الأولاد التائهين، وبينما كانت «تنكربيل» تراقب الحفل من بعيد وهي في حالة حزن شديدة، استغل «سمي» ذلك وقام باختطاف «تينركبيل» .. و بطريقة ما استطاع «هوك عن طريق مكره، أن يعرف مكان بيتربان من «تينك» و كانت هذه خطة للقضاء عليه وبعدها قام «هوك» بسجن «تينركبيل» . تمت عملية اختطاف الجميع بنجاح و هدوء تام عدا بيتربان الذي تركه «هوك» في مقره السري ووضع قنبلة موقوتة حتى تنفجر، وهنا اعتقد «هوك» أنه حقق حلمه بالقضاء على بيتربان ولكن «تينركبيل» استطاعت أن تهرب من السجن و حذرت بيتربان الذي هرع لمساعدة أصدقائه، وبعد مبارزة بين «هوك» و «بان»، استطاع «بان» النصر بالقاء هوك في البحر و تبعه التمساح و قام القراصنة بانقاذ «هوك» من التمساح . وهنا قررت «ويندي» أن تعود إلى البيت مع أخويها؛ فقام «بان» بتوصيلهم و مودعا لهم على أمل أن يلقاهم مرة أخرى يوما ما .. وعند عودة الأب والأم من الاحتفال، قصت «ويندي» و أخواها ما حدث لهم في أرض الأحلام، وهنا أخذهم الآباء على قدر عقولهم، وقررت ويندي أنه ليس هناك أفضل من الحياة الطبيعية و قررت وقتها أن تكبر.