كشفت أسرة الدكتور الراحل مصطفى محمود, الذي وافته المنية صباح السبت 31/10/2009, أن إسرائيل ضغطت على القيادة السياسية المصرية لإجبارها على منع استمرار برنامج "العلم والإيمان", الذي كان يقدمه الدكتور مصطفى محمود على شاشة التلفزيون المصري، كما مارست الدولة الإسرائيلية مضايقات عدة على الدكتور الراحل. ونقلت صحيفة "المصري اليوم" عن أدهم مصطفى محمود، نجل الراحل, قوله لبرنامج الحقيقة: "إن السبب وراء اعتلال صحة والدي هو جواب أرسله الدكتور أسامة الباز، مدير مكتب رئيس الجمهورية للشؤون السياسية، عام 1994، عقب نشر الفيلسوف الراحل مقالاً في الأهرام أثار استياء القيادات الإسرائيلية والمنظمات اليهودية، وهو ما جعل الباز يرسل الخطاب إلى إبراهيم نافع، رئيس مجلس إدارة "الأهرام" آنذاك طالباً منه لفت نظر مصطفى محمود إلى حساسية الكتابة في هذه الموضوعات، وأن تأثيرها لا يقتصر على الإسرائيليين فقط بل على اليهود أيضاً". ونقلت صحيفة "المصري اليوم" عن أدهم حديثه للإعلامي وائل الإبراشي، الذي أذيع مساء الأحد 1/11/2009على فضائية "دريم": "إن الخطاب كان له بالغ الأثر في صحة والدي، الذي دخل بعدها في نوبة حزن شديدة أثرت في صحته بشكل واضح، خاصة أن الخطاب عبّر عن توبيخ سياسي واضح من الدولة لم يقتصر فقط على كتابات الفيلسوف الراحل، بل امتد إلى الاعتراض على محتوى ومضمون برنامجه "العلم والإيمان"، كاشفاً أن إسرائيل لعبت دوراً رئيسياً في توقف عرض البرنامج على القنوات الأرضية". وكشف أدهم أن والده ذهب إلى لقاء صفوت الشريف، وزير الإعلام المصري آنذاك، شاكياً له توقف البرنامج، ولما عرف بشأن الخطاب أدرك أن إسرائيل تمارس ضغوطاً سياسية ودبلوماسية لمطاردة أفكاره، مؤكداً أن والده عانى الأمرين من تدخلات الأزهر المتكررة لحذف مقاطع كثيرة من حلقات برنامجه، حتى إنه كان يضطر إلى الذهاب إلى شيخ الأزهر لمناقشته مراراً حول المقاطع المحذوفة. وقال الإبراشي ل "المصري اليوم": إن مصطفى محمود كان يمثل خطراً على إسرائيل, لأنه كان الوحيد الذي يرد على ادعاءاتهم من خلال قراءته المتأنية في العقائد والتاريخ والعلوم، وأن سلوكه هذا تسبّب في حرج شديد للمسؤولين في الدولة، وهو ما يفسر تخليهم عنه في محنة مرضه وحتى لحظة وفاته. وكان الراحل قد وافته المنية صباح السبت 31/10/2009 عن عمر يناهز 88 عاما, بعد صراع طويل مع المرض ظل خلاله طريح الفراش في مستشفى يحمل اسمه بمنطقة ميدان لبنان في المهندسين (جنوبالقاهرة).