يعتبر مشروع خفض انبعاث غاز ثاني أكسيد الكربون أحد المشاريع التي تقوم بها المؤسسة لهدف نشر تطبيق آليات التنمية النظيفة CDM على مستوى القطاعات الصناعية في السعودية لتقليل التلوث البيئي، والمشروع تمت تجربته بمحطات تحلية المياه المالحة بجدة باستخدام مادة (12Threma Chem FS) لتنظيف الغلايات ورفع كفاءتها وخفض انبعاثات غاز ثاني أكسيد الكربون، إذ تعمل على إزالة الرواسب المتكونة على أسطع أنابيب الغلاية، ما يساعد في تحسين التبادل الحراري، وحقق نجاحاً باهراً، إضافة إلى توفيره لاستهلاك الوقود بنسبة وصلت إلى (ثمانية في المئة). وتسعى المؤسسة العامة لتحلية المياه المالحة لتشغيل محطاتها وفق الضوابط المعمول بها عالمياً في هذا المجال، إذ تتم مراقبة الغازات من المحطات من طريق أجهزة مراقبة جودة الاحتراق من ناحية وجود الأوكسجين الكافي لذلك، وأيضاً من طريق عينات الغاز لتحديد نسب الانبعاثات، وتقدير كفاءة الاحتراق داخل الأفران.