طلب البابا فرنسيس "الصفح" الجمعة باسم الكنيسة للمرة الاولى منذ انتخابه عن "الاضرار التي تسبب" بها كهنة تعدوا جنسيا على اطفال، واكد ان العقوبات يجب ان تكون "قاسية جدا". وقال البابا لدى استقباله المكتب الكاثوليكي الدولي للطفولة في الفاتيكان “أشعر أن من واجبي أن أتحمل المسؤولية عن كل الأذى الذي تسبب به بعض الكهنة، وهم قلة بالمقارنة مع جميع الكهنة، وأن أطلب شخصياً الصفح عن الأضرار التي تسببوا بها بالتعدي جنسياً على الاطفال". وكان سلفه البابا بنديكتوس السادس عشر طلب شخصياً الصفح لكن البابا فرنسيس لم يفعل ذلك من قبل حتى لو أنه انتقد تلك الجرائم. وأوضح أن "الكنيسة مدركة لهذا الاذى. لا نريد أن نتراجع على صعيد معالجة هذه المسألة والعقوبات التي ينبغي أن تتخذ”، وأضاف “أعتقد إنها يجب أن تكون قاسية جداً! لا يسمح باستغلال الأطفال”. وعلى خطى سلفه، تعهد البابا فرنسيس التصدي بحزم للتعدي على الأطفال، وأنشأ في الفترة الأخيرة لجنة لحماية الطفولة التي تضم بين أعضائها الإيرلندية ماري كولينز التي كانت ضحية تعديات جنسية. وفي حزيران/يونيو 2010، طلب بنديكتوس السادس عشر بإلحاح "الصفح" باسم الكنيسة عن التعديات الجنسية على الأطفال. وقد لطخت هذه الفضيحة حبريته.وكانت لجنة الأممالمتحدة لحقوق الطفل انتقدت الفاتيكان الذي يستمر كما يقول خبراؤها في حماية بعض الكهنة المذنبين ويتقاعس عن ارغام الاسقفيات على التشهير بصورة منهجية بتلك الجرائم. واعتبرت منظمات للضحايا السابقين إن البابا فرنسيس لم يفعل شيئا. وقد أغضبها بدفاعه عن الكنيسة ودعوته المؤسسات الأخرى إلى الإقتداء بعزمه على عدم التستر بعد اليوم على الفضيحة. وفي إطار الخلاف حول المعايير الجديدة للتربية الجنسية لدى الأطفال في أوروبا -مع النقاشات حول "نظرية النوع"- إنتقد البابا فرنسيس في الخطاب نفسه التربية التجريبية و"التلاعب التعليمي" الراهن. ولم يسم أي تربية بالإسم. وأضاف البابا أمام أعضاء المكتب الكاثوليكي الدولي “أريد أن أعبر عن رفضي لأي نوع من أنواع التربية التجريبية مع الأطفال”. وشدد على القول "لا نستطيع أن نقوم بتجارب مع الأطفال والشبان". وقال البابا فرنسيس في تصريح إتسم بنبرة عنيفة نادرة ضد الأفكار المعاصرة إن “أخطاء التلاعب التربوي التي عايشناها أيام الديكتاتوريات الكبيرة التي قامت بعمليات إبادة في القرن العشرين لم تختف، وهي ما زالت موجودة بأشكال شتى ترغم، بحجة الحداثة، الأطفال والشبان على سلوك الطريق الديكتاتوري الذي يمثله الفكر الواحد”.