تعرضت عيون ومجاري عين زبيدة لتعديات فى حي دقم الوبر من جهة المجرى الرئيس وذلك بالبناء فوقه كما تعرضت حرم العين بطول 30مترًا للتعدي من أحد المستشفيات الحكومية وذلك باتلاف بعض طرق العين ورفع البناء عليها وفتح طريق بعد تكسير آثارها وقال الدكتورصالح بن سليمان الحويس المستشار الشرعي لأوقاف عين زبيدة بمكةالمكرمة: إن إدارة عين زبيدة سبق أن أبلغت الجهات المعتدية بوقف اعتدائها على هذا المعلم والإرث التاريخي، مشيرًا إلى أنها سترفع دعواها للجهات ذات العلاقة لملاحقة المتسببين فى التعدي على مواقع تاريخية ولفت إلى أن مشروع خادم الحرمين الشريفين الملك عبدالله بن عبدالعزيز لإعادة إعمار عين زبيدة يحظى باهتمام كبير من سمو أميرمنطقة مكةالمكرمة ويتولى رئاسته الدكتورعمر أبو رزيزة وتتواصل الأعمال لإكمال إجراءاته بمكةالمكرمة وفى المشاعرالمقدسة ووادى نعمان. يذكر أن السيدة زبيدة زوج الخليفة هارون الرشيد هي صاحبة فكرة هذا المشروع حينما لاحظت أثناء حجها مدى العنت الذي يعانيه الحجّاج والمعتمرون نتيجة شُح المياه، فأمرت بإجراء عين وادي النعمان إلى عرفة سنة 174ه / 791م. ووفقت لذلك وصل الماء زلالًا إلى عرفة ومزدلفة، وأصبح قريبًا من منى، فيما يُعرف ببئر زبيدة، وفي العصر العثماني، عام 979ه/ 1571م تم إعادة إعمار المشروع.