غالبية الناس لا تعرف عن الآثار الجانبية للقهوة سوى تسببها في الأرق أو صعوبة النوم ليلاً. ولكن يمكن للقهوة أو الاسبريسو التسبب في إعاقة امتصاص بعض الأدوية، أو زيادة تأثيرها بسبب احتوائها على مادة الكافيين التي تؤثر في بعض أنواع الأدوية مثل تلك التي تستخدم في علاج الغدة الدرقية ومضادات الكآبة وهشاشة العظام ونقص الأوستروجين، وفق ما ذكرته صحيفة نيويورك تايمز مؤخرًا. وأشارت التايمز بهذا الصدد إلى دراسة كانت قد نشرت عام 2008 أكدت أن الأشخاص الذين تعاطوا دواء (ليفو ثيروكسين) الذي يستخدم في علاج نفص إفراز هرمون الغدة الدرقية (الثيروكسين) قبل أو بعد شرب فنجان من القهوة يقل امتصاص الدواء لديهم بنسبة 55% . كما دلت دراسات أخرى على أن هذه النسبة تصل إلى 60% في حالة أدوية هشاشة العظام. من جهة أخرى توصلت الأبحاث إلى أن تأخر امتصاص الكافيين نتيجة تناول بعض الأدوية كالمضادات الحيوية وحبوب منع الحمل ومضادات الكآبة بسبب شرب القهوة قبل أو بعد تناول تلك الأدوية يحدث نتيجة إحباط إنزيم يعرف باسم CYP1A2 يساعد على امتصاص مادة الكافيين بما يؤدي إلى أن يستمر بقاء الكافيين في الجسم لعدة ساعات أطول من المعتاد. وأظهرت دراسة ثالثة أن النساء اللواتي يتناولن حبوب منع الحمل يحتفظن بالكافيين 4 ساعات أكثر من الأخريات اللواتي لا يتناولن تلك الحبوب.