طرحت مجلة الأزهر في عددها الجديد العديد من قضايا المثارة الآن ومنها «ترويج العلمانية.. إلى أين»، «إسلامية المعرفة ماذا تعني»، «حول تطبيق الشريعة الإسلامية في مصر»، «الثقافة الإسلامية في مواجهة التحديات»، «التأصيل الإسلامي للعلوم»، «من افتراءات المستشرقين على الأصول العقدية في الإسلام». كما نقرأ في مجلة الأزهر «تفسير سورة البقرة»، «كنوز من السنة»، «دستور الأخلاق في القرآن»، «بنو إسرائيل في الكتاب والسنة»، «قصص الأنبياء»، «موقف الخطابي من تراث العلماء في الإعجاز»، «القصة والأمثال في القرآن الكريم».