في أهم تطور تشهده، حتى الآن، قضية تفجير مركز التجارة العالمي في نيويورك، وجّه القضاء الاميركي الى الشيخ عمر عبدالرحمن تهمة المشاركة في الاعتداء على المركز وفي مؤامرة كانت تستهدف تدمير مبان وأنفاق في نيويورك. وقال قرار الاتهام ان الشيخ عبدالرحمن "تمت استشارته للاعداد والتخطيط لاعتداءات بالقنابل وجرائم قتل وأعمال ارهابية أخرى..." كما انه "أصدر تعليمات تجيز او تمنع القيام بأعمال ارهابية وقام بدور الوسيط في نزاعات بين اعضاء في المنظمة" التي يقودها والتي "نفذت منذ 1989 أعمالاً ارهابية". كما اتهم عبدالرحمن، مع ثلاثة اشخاص آخرين بالتآمر لاغتيال الرئيس حسني مبارك خلال زيارته للولايات المتحدة، والثلاثة هم سيد نصير الذي حوكم سابقاً بتهمة اغتيال الحاخام الاسرائيلي المتطرف مائير كاهانا، لكن المحكمة برأته، ومحمد ابو حليمة، شقيق احد المتهمين بالاعتداء على المركز، ومحمد حجاج. لكن الجديد في مسألة نصير هو توجيه التهمة اليه مجدداً بقتل الحاخام كاهانا في عام 1990 ومحاولة قتل ساعي بريد اثناء فراره. وكان ثلاثة اشخاص من اتباع الشيخ الضرير، اتهموا سابقاً بالمشاركة في تفجير المركز في 26 شباط فبراير الماضي. وقال قرار الاتهام الجديد ان الاشخاص الاحد عشر المتهمين في المؤامرة التي كانت تهدف الى تدمير مباني الاممالمتحدة ومبنى مكتب التحقيقات الفيديرالي وجسر جورج واشنطن ونفقي لينكولن وهولاند ضالعون ايضاً في الاعتداء على مركز التجارة العالمي. وجاءت الاتهامات الجديدة بعد ان درس المدعون العامون، خلال مئات الساعات، تسجيلات مناقشات اعدها احد مخبري الشرطة، وهو ضابط سابق في الجيش المصري اصبح احد المقربين من الشيخ عبدالرحمن. وأتاحت هذه المعلومات لمكتب التحقيقات الفيديرالي أن يحبط حملة الاعتداءات التي كانت تستهدف مراكز في نيويورك. وفي القاهرة اعتبر المتحدث باسم جماعة "الاخوان المسلمين" مأمون الهضيبي ان الاتهامات الاميركية الموجهة الى عبدالرحمن "غير قائمة على أسس منطقية" مستبعداً أن يكون الشيخ أصدر "فتاوى تبيح الارهاب" في اميركا.