تبدأ جامعة الملك فيصل بالمفاضلة بين المتقدمين من خريجي طلبة المرحلة الثانوية إلكترونياً، بحسب الأعداد التي حددها مجلس الجامعة لكل كلية، وبحسب النسبة الموزونة للمتقدمين، وبناء على الرغبات التي يتم اختيارها من قبل المتقدم تسلسلياً، وسيقوم النظام بإعطاء الأفضل من الأعلى، وهي الرغبة الأولى وحتى الأدنى وهي الرغبة ال14 للقسم العلمي، أو الرغبة الخامسة للقسم الأدبي والشرعي والإداري والمعهد العلمي وتحفيظ القرآن الكريم. وأوضح عميد القبول والتسجيل في الجامعة الدكتور محمد الفريدان أن نظام القبول سيرقي المتقدم ويعطيه الأفضل بحسب تسلسل رغباته من دون الرجوع إلى موافقته، ولذلك يجب عليه الدخول على نظام القبول عبر حسابه، الذي تم أنشأه عند تسجيل طلب قبوله لمعرفة ترقية رغبته، مبيناً أن إدارة الجامعة ستكون حريصة كل الحرص على المتقدمين بأن يحصل كل متقدم على أفضل رغبة اختارها بحسب النسبة الموزونة والتي تتم المفاضلة من خلالها بين المتقدمين. ودعا الفريدان المتقدمين إلى ضرورة الدخول على النظام بين فترة وأخرى، لمعرفة القبول النهائي للمتقدم على أي كلية أو عدم قبوله نهائياً.