فيما تحولت قضية إبادة 30 ألف معارض عام 1988 إلى معضلة سياسية تواجه النظام الإيراني حاليا، أقر وزير المخابرات السابق، علي فلاحيان، في تصريحات إعلامية، بأن أحكام الإعدام التي نُفذت ضد المعارضين في ذلك الوقت، جاءت بأمر مباشر من الخميني، وأنها طالت كل من قدّم مساعدات لأنصار المقاومة. من جرائم النظام الإيراني غياب التحقيقات مع المعتقلين السياسيين تنفيذ إعدامات جماعية للمعارضين شمول الأحكام كل من يشتبه بهم تجنيد عناصر استخباراتية بغطاءات مختلفة
اعترف وزير المخابرات الإيراني السابق،علي فلاحيان، بأن أحكام الإعدام التي نفذها نظام الملالي ضد المعارضين عام 1988، جاءت بأمر مباشر من خميني. وقال في مقابلة مع تليفزيون « أبارات» على الإنترنت أمس، إن أحكام الإعدام شملت جميع السجناء السياسيين من منظمة مجاهدي خلق، والمجموعات المحاربة الأخرى، لافتا إلى أن خميني هو من أمر بتنفيذ الأحكام وكان حكمه الولائي هو الإعدام سواء قبل قضية عام 1988 أو بعدها. وأشار فلاحيان إلى أن المدعي العام للثورة الإيرانية موسوي «تبريزي»، في هذا الوقت، كان يقول إنه لا حاجة للمحاكمة، لا معنى أن نحاكمهم، في إشارة إلى سجناء المعارضة. جاءت تصريحات فلاحيان في وقت تحولت فيه قضية مجزرة 30 ألف سجين سياسي في صيف 1988 وحركة المقاضاة من أجل شهداء هذه المجزرة إلى معضلة لنظام الملالي في الأشهر الأخيرة، لاسيما بعد دخول علي خامنئي الساحة في 4 يونيو الماضي، وتحذيره من توسيع حركة المقاضاة. لا تبقوهم أحياء قال فلاحيان في رده على سؤال حول محكومية الضحايا في مجزرة عام 1988 والذين كانوا يقضون مدد حبسهم، إن حكم هؤلاء هو الإعدام، وإذا كان هناك حاكم شرع لم يصدر حكم الإعدام فهو قد ارتكب مخالفة، مضيفا أن حكم المنافق المحارب حسب فتوى خميني هو الإعدام، مبينا أن «النقاش كان يدور حول رأي خميني الذي كان يقول لماذا أبقيتم هؤلاء أحياء سواء أولئك الذين كان من المفترض أن يعدموا ولم يتم إعدامهم أو أولئك الذين كان من المفترض أن يعدموا، ولكنه لم يتم إصدار حكم لإعدامهم». الإعدام بالشبهات أقر فلاحيان بأن كثيرا من المعتقلين السياسيين تم إعدامهم لمجرد توزيع صحيفة أو توفير إمكانيات ومواد غذائية لأنصار المقاومة، وقال في هذا الصدد «عندما يكون شخص عضوا في تنظيم أو فرقة، وهذه الفرقة تحارب بالسلاح، فإن هذا الفرد سواء كان مسلحا أو غير مسلح أو شخصا آخر يوفر وكرا لهم وثالث يوفر إمكانيات، فكلهم يعتبرون من المعارضة». وأكد فلاحيان أن كثيرا من عناصر وزارة المخابرات ينشطون تحت غطاء مراسلين وإعلاميين وقال: وزارة المخابرات لها واجهتها اللازمة، لجمع المعلومات سواء في داخل البلاد أو خارجها، مضيفا أنه لا يتم إرسال عنصر استخباري إلى أي دولة أجنبية ليقول إنه من وزارة المخابرات لتزويده بالمعلومات، ولكنه يتخفى تحت غطاء أعمال التجارة، أوتحت واجهة مهن الصحافة والإعلام، مبينا أن كثيرا من المراسلين هم عناصر استخبارية لاسيما أنه ليس للمراسل دخل وعليه أن يتعاون مع وكالة استخبارية. تاريخ أسود وفقا لأمانة المجلس الوطني للمقاومة الإيرانية في باريس فإن فلاحيان، عرف بأنه كبير الجلادين لنظام الملالي في إيران حيث خدم خلال 8 سنوات في عهد رفسنجاني «1989-1997» على رأس وزارة المخابرات وهو مطلوب دوليا بسبب دوره المباشر في الاغتيالات خارج البلاد، إضافة إلى قيادة مسلسل الاغتيالات وقتل كثير من المعارضين والمثقفين الإيرانيين. كما أن فلاحيان وبسبب دوره المباشر في قتل قادة الحزب الديمقراطي الكردستاني الإيراني في مطعم ميكونوس في برلين «سبتمبر 1992» هو مطلوب من قبل المحكمة الألمانية وصدر حكم دولي للقبض عليه. كذلك وضعت الشرطة الدولية «الإنتربول» عام 2007 اسم فلاحيان في قائمة المطلوبين الرئيسيين دوليا لدوره في تفجير مركز اليهود في بوينس آيرس، مما أدى إلى مقتل 85 شخصا. وأصدر قاضي التحقيق السويسري جاك آنتنن في 20 مارس 2006 حكما دوليا لجلب فلاحيان لدوره في التخطيط والضلوع المباشر في اغتيال ممثل المقاومة الإيرانية في جنيف الدكتور كاظم رجوي عام 1990 . ملف فلاحيان عرف باسم كبير الجلادين مسؤول عن الاغتيالات بالخارج قتل عددا كبيرا من المعارضين مطلوب من قبل المحكمة الألمانية ضمن قائمة المطلوبين من قبل الإنتربول