أدى إعلان رئيس الحزب الاتحادي الديموقراطي محمد عثمان الميرغني مشاركة حزبه في الانتخابات وتأييد ترشيح الرئيس عمر البشير لدورة جديدة، إلى تفشي الخلافات وسط قياداته التي هدد قسم كبير منها بالانسلاخ عن الحزب وتكوين حزب جديد، وأشارت معلومات حصلت عليها "الوطن" إلى أن معظم قادة الصف الأول بالحزب يرون أن موقف الميرغني اتخذ دون استشارتهم، ولم يعرض عليهم الأمر، وأن الميرغني اتخذ القرار منفردا، دون الرجوع إلى القيادات أو القواعد. وأن أكثر من 10 من القياديين التاريخيين للحزب هددوا بالخروج من الحزب، إذا لم يتراجع الميرغني عن موقفه. وأشار القادة المحتجون إلى أن تأييد حكومة البشير يتناقض مع الخط الوطني الذي نشأ عليه الحزب برفض الديكتاتورية وعدم التعاون مع الحكومات التي تستخدم القوة ضد شعبها. واتهم بعضهم الميرغني بتأييد البشير حرصا على مصالح ذاتية، بعيدة عن مصالح الحزب وتوجهاته. في غضون ذلك أرسل حزب المؤتمر الوطني الحاكم في السودان تحذيرات شديدة اللهجة إلى قوى معارضة دعت المواطنين إلى مقاطعة الانتخابات المقبلة المقررة في شهر أبريل المقبل، قائلا: إن أي تحرك ضد العملية يعد أمرا مخالفا للقانون.وكانت حركة "الإصلاح الآن" المعارضة، التي يتزعمها القيادي المنشق من الحزب الحاكم د. غازي صلاح الدين العتباني، قد طالبت الناخبين بعدم الذهاب لصناديق الاقتراع.واعتبر مساعد الرئيس السوداني إبراهيم غندور في تصريحات صحفية إعلان قوى معارضة تكوين جسم لإعاقة العملية تحرك مخالف للقانون لأن العملية هي الوضع الطبيعي. ورأى غندور عدم أحقية القوى المعارضة في منع المواطنين حق الانتخاب. وقال إنه ليس من حق هذه القوى أن تمنع مواطنا من المشاركة وممارسة حقه في الذهاب لصناديق الاقتراع. وبخصوص تحريض المجتمع الدولي على عدم الاعتراف بالانتخابات، قال غندور "ما يهمنا هو أن يعترف بها الشعب السوداني، ويشارك فيها، ويذهب إلى صناديق الاقتراع لأن الشعب هو الذي يعطي الشرعية وليست الدول الأجنبية". من جهة أخرى قال حزب الأمة القومي المعارض بزعامة الصادق المهدي، إن جهاز الأمن والمخابرات تقدم بطلب رسمي لمجلس شؤون الأحزاب لتجميد نشاط الحزب، على خلفية توقيعه اتفاقي "نداء السودان" و"إعلان باريس" مع حركات مسلحة. وأضاف الحزب في بيان أنه تسلم خطابا من مجلس شؤون الأحزاب، يطالبه فيها بتقديم دفوعاته على شكوى قدمها جهاز الأمن والمخابرات ضده، على خلفية توقيعه على اتفاقية إعلان باريس ونداء السودان.وأوضح البيان أن جهاز الأمن طلب من المجلس ممارسة سلطاته بموجب المادة 19-2 من قانون الأحزاب، التي تتيح للمجلس تجميد نشاط الحزب أو حله بقرار من المحكمة الدستورية بناء على دعوى يرفعها مجلس الأحزاب بأغلبية لا تقل عن ثلثي أعضائه.