حددت اللائحة الرسمية للمركز الوطني للطب البديل والتكميلي مهام المركز في 13 مهمة من أجل وضع الضوابط والمعايير لمزاولة الطب البديل والتكميلي، وتوثيق علوم الطب البديل، وبخاصة الطب الإسلامي والعربي، حيث جاءت مهمات المركز على النحو التالي: وضع الاسس والمعايير والشروط والضوابط لمزاولة مهنة الطب البديل والتكميلي، ووضع الادلة والاجراءات الخاصة بهذا الطب، ووضع الضوابط والمعايير والآلية الملائمة لتوثيق علوم الطب البديل والتكميلي، وبخاصة الطب الاسلامي والعربي، واجراء المسوحات والدراسات والبحوث المتعلقة بالطب البديل والطب التكميلي، واصدار التراخيص بمزاولة مهنة الطب البديل والتكميلي، والمشاركة في تحديد الرسوم التي يتقاضاها ممارسو الطب البديل حسب الخبرة والخدمة المقدمة والتأهيل، ومراقبة نشاطات المرخص لهم افرادًا ومؤسسات بممارسة الطب البديل، وتقويم ذلك، وتأسيس قاعدة معلومات للطب البديل، واصدار التقارير والنشرات الدورية والعلمية، وعقد الندوات والمؤتمرات في مجال الطب التكميلي والطب البديل، وتقديم برامج التوعية والتثقيف الصحي في هذا المجال، وعقد الدورات والبرامج التأهيلية وبرامج التعليم والتدريب المستمر للمتعاملين في هذا النشاط، والتعاون والتنسيق مع الجهات الصحية والتعليمية والبحثية المختلفة في مجال الطب البديل والطب التكميلي، سواء داخل المملكة أو خارجها، وإصدار مجلة علمية متخصصة في هذا المجال، كما تضمنت اللائحة التي حصلت “المدينة” على نسخة منها تشكيل لجنة استشارية بقرار من وزير الصحة تتكون من 9 جهات رسمية وخاصة من المسؤولين أو المختصين، أو المهتمين بالطب البديل مدتها 3 سنوات تضم ممثلين من الشؤون الصحية بالحرس الوطني، الادارة العامة للخدمات الطبية للقوات المسلحة، الإدارة العامة للخدمات الطبية بوزارة الداخلية، وزارة التعليم العالي، وزارة الصحة، المؤسسة العامة لمستشفى الملك فيصل، الهيئة العامة للغذاء والدواء، الهيئة السعودية للتخصصات الصحية، القطاع الخاص، على أن تختص اللجنة الاستشارية بإبداء الرأي في السياسة العامة للمركز، وضع الأسس والمعايير والشروط والضوابط لمزاولة مهنة الطب البديل، ووضع الادلة والاجراءات الخاصة بالطب البديل، واعداد شروط وضوابط اصدار التراخيص لمزاولة المهنة، ووضع الضوابط والمعايير والآلية الملائمة لتوثيق علوم الطب البديل، كما اتاحت اللائحة للمركز الاستعانة بالخبراء في مجال الطب البديل والتكميلي من داخل المملكة وخارجها، مع تخصيص ميزانية على بند التشغيل الذاتي للمركز من اجل انهاء المهام المناط بها من خلال الاعتمادات التي تخصصها الدولة، والدخل التي يحققه المركز من ممارسة النشاطات التي تدخل ضمن اختصاصه، والهبات والمنح والوصايا والاعانات الاخرى التي يقبلها.