اشتهر الشيخ أحمد الطيب عند تعيينه بموقفه الشديد من فئتين حسب تصنيفه هما: الوهابيون والإخوان. كانت حربه ضد الإخوان، أيام مبارك، عنيفة وشرسة ميدانياً خصوصاً قضية «ميليشيات طلاب الأزهر» ديسمبر 2006 التي لا يمكن أن تغفرها «جماعة الإخوان» وإن طال صبرها كان الشيخ أحمد الطيب يرى أن الأزهر خالطه الإخوان بما يفسد نقاءه ويغيّب هويته التاريخية ولاعودة للأزهر بسماحته وتنوعه إلا بالخلاص منهم وتنقية معاهده من موجاتهم بكل الوسائل الممكنة. أما الوهابية (السلفية السعودية) فلها كل الصفات السلبية ويجب تطهير الأزهر من آثارها المدمرة. كانت صورة شيخ الأزهر واضحة قبل سقوط مبارك أما بعد جلوس «الإخوان» مكانه فإن هوية ذلك الشيخ الذي أثار إعجاب الجميع لصلابته وحسمه أصبحت عصية على التصنيف وتحديد الملامح. هل كان موقف عضو لجنة السياسات في الحزب الوطني الحاكم، حينها، متناغماً مع الخط الرسمي وهو، اليوم، متناغم مع الخط الرسمي أيضا؟ لا يمكن أن يكون الشخص الذي أعلن الحرب على الإخوان في كل مناسبة هو الذي يتناغم معهم اليوم. ولا يمكن فهم التحوّلات إلا أن يوضحها الشيخ نفسه كما أوضح صورته حين تولّى مشيخة الأزهر. الشيخ الطيب يتوافر على معرفة عريضة ورؤية انفتاحية فريدة وكان وصوله إلى الأزهر علامة بثت الروح في هذا الكيان التاريخي العظيم. وكانت رؤيته في إعادة الهيبة والسماحة إليه تحظى بالتقدير فأين الاختلال وكيف حدث؟ وما الذي غاب من أطراف المعادلة؟ وهل سيبقى الأزهر عصياً على «الإخوان» أم سيكون أحد مدارجهم؟ في كل الثورة المصرية تبقى شخصية الشيخ أحمد الطيب الأكثر غموضاً وإرباكاً.