أسفرت التحقيقات عن تجسس قيادات "مكتب الإرشاد "على قيادات رفيعة المستوى في الدولة، وزرع أجهزة تصنت فى أغلب المؤسسات، وعلى رأسها" الرقابة الإدارية "و"الأمن الوطني" و"قصر الاتحادية"، ونقل كافة المعلومات ل "مكتب الإرشاد"، خاصة المعلومات التي تخص "الإخوان". وكشف مصدر قضائي رفيع المستوى أن جماعة "الإخوان المسلمين" كانت تقوم بالتجسس على جميع مؤسسات الدولة من خلال أجهزة اتصالات حديثة والربط غير المعروف لشبكات المحمول مع تلك الأجهزة، مشيرا إلى أن الجماعة قامت بأول عملية تجسس على أعضاء المحكمة "الدستورية العليا " في غرف المشورة أثناء نظرهم للطعن المقدم على عدم دستورية قانون انتخابات مجلس الشعب، والتي رصدت فيه "جماعة الإخوان "آراء الأعضاء، حيث كان بينهم نقاش طويل حول تلك القضية. وأضاف المصدر، أن عملية التجسس على المحكمة الدستورية امتدت إلى ما بعد حكم حل "مجلس الشورى" والطعن المقدم من الفريق أحمد شفيق المرشح الخاسر في انتخابات الرئاسة، حيث كانت الجماعة تقوم بوضع أجهزة تصنت داخل غرفة المشورة الخاصة بالمحكمة. وأكد المصدر أن هناك دلائل قاطعة على أن "الإخوان" كانوا يمتلكون جهاز مخابرات لجمع المعلومات عن معارضيهم، وهو ما سجلوه بألسنتهم من خلال التأكيد على أنهم يعلمون بالمؤامرات التى تحيك بحكم مرسى حيث أكد عصام العريان أن الجماعة والرئاسة يملكان تسجيلات صوتية للنائب العام السابق عبد المجيد محمود وقت الأزمة بينهما، وهو ما ذكره الرئيس المعزول في أحد خطاباته بوجود النائب العام السابق عبد المجيد محمود داخل مكتب أحد المحامين وآخرين لتدبير مؤامرة على الحكم. وذكر المصدر بأن الدكتور مراد على كان أحد أعمدة شبكات التجسس في جماعة الإخوان المسلمين، حيث وجهت له النيابة العامة تهمة بإنشاء جهاز تحت مسمى"المركز الإعلامى لجماعة الإخوان المسلمين" بأمر من المرشد العام لجماعة محمد بديع، ونائبه خيرت الشاطر بغرض التجسس على قوات الشرطة وإحداث عمليات تشويش لأجهزة الاتصالات، كما تم اتهامه بزرع أجهزة تجسس داخل بعض المقرات الإعلامية التابعة للجماعة. وحاولت قيادات "الإخوان" التجسس على قيادات القوات المسلحة الكبيرة لمعرفة ما يدور في المؤسسة العسكرية، لكن المفاجأة كانت أن القيادات العسكرية تستخدم شبكات وهواتف خاصة بها، لمنع التجسس على كبار القادة، خاصة بعد وصول معلومات تفيد بأن الإخوان يسعون لاختراق الأجهزة السيادية، وبناء على هذه المعلومات صدرت أوامر بالتعامل بطرق أخرى، ومنع الحديث عبر الهواتف، لمنع تسرب معلومات "القوات المسلحة". الى ذلك صرح المستشار عادل السعيد النائب العام المساعد، إن النيابة العامة اكتشف مؤخراً أجهزة تسجيل وكاميرات مراقبة سرية داخل مكتبي النائب العام والنائب العام المساعد، تقوم بتصوير وتسجيل كافة ما يدور داخل المكتبين من حوارات ومقابلات بصورة سرية ودون علم من يقومون بالدخول والخروج من المكتبين. وأرسل النائب العام شكوى إلى مجلس القضاء الأعلى والذي قرر انتداب قاضي تحقيقات ليتولى التحقيق مع المستشارين طلعت عبد الله النائب العام السابق، وحسن ياسين النائب العام المساعد السابق والمستشار أيمن الورداني المحامي العام الأول لطنطا في البلاغ المقدم ضدهم بتهمة تركيب تلك الأجهزة في فترة توليهم لمناصبهم. من جهته قال الصحفي مصطفى بكري خلال مداخلة هاتفية على قناة "دريم"إن هناك أجهزة تجسس دخلت عن طريق "قطر" خلال فترة حكم الرئيس المعزول "محمد مرسي"، وهذا ما اعترف به "خيرت الشاطر"، حيث بلغت تكلفة تلك الأجهزة 120 مليون دولار، مشيرا إلى أنه تم إخفاؤها في أحد مقرات "الإخوان"، وأن هذه الأجهزة تم توزيع جزء منها على العديد من الأماكن الحيوية في مصر، على رأس تلك الأماكن مؤسسة الرئاسة حيث كان يتجسس مكتب الإرشاد على مرسي نفسه.