إن من مضاعفات المعالجة الهرمونية الجانبية المألوفة فقدان الرغبة الجنسية والعجز الجنسي بنسبة عالية بسبب نقص الهرمون الذكري مع تأثيره على الأعصاب المسؤولة عن الانتصاب. ولم يعر الخبراء الاهتمام الكافي لتلك الحالة التي تؤثر سلبياً على جودة حياة المريض وتمنعه من الاستمتاع بحياة جنسية طبيعية لا سيما أن معالجة نقص الهرمون الذكري بالحبوب أو اللصقات الجلدية أو الفموية أو الهلامة أو الحقن التي تحتوي عليه محظورة في تلك الحالات خوفاً من تنشيط الخلايا السرطانية البروستاتية. وقد حاول بعض الأخصائيين استعمال العلاج الهرموني المتقطع أو استبدال الهرمونات المنشطة لهرمون GNRH العطائي بمضادات الاندروجين مع أو بدون عقار فنستيرايد التي لا تخفض مستوى التستوستيرون للحؤول دون تأثير العلاج على الطاقة الجنسية مع نتائج مشجعة في بعض تلك الحالات. وأما إذا ما فشلت تلك الوسائل العلاجية فيمكن معالجة بعض هؤلاء الرجال بحقن موسعات الشرايين والجيوب مباشرة في الأجسام الكهفية أو غرز البدائل أو العصيات المكونة من السيليكون داخلها في بعض تلك الحالات مع نتائج جيدة ذلك إذا ما حبذها المريض وتقبلها. التشويش الفكري إن للمعالجة الهرمونية تأثيرا سلبيا على الطاقة الفكرية والذاكرة كما تبين في عدة دراسات سريرية التي أبرزت المفعول الإيجابي للهرمون الذكري في استعادة الذاكرة وطلاقة الكلام والتركيز الفكري والقدرة على التمييز الحيزي. وفي دراسة قام بها الدكتور غرين على 82 رجلاً عولجوا بالهرمونات المخفضة للهرمون الذكري أظهرت نتائجها التأثير السلبي لتلك المعالجة على الذاكرة وقدرة الانتباه والنشاط الفكري والمنطق وسهولة الكلام بعد ستة أشهر من المعالجة. وحذر من استعمال العلاج بالهرمون الذكري الذي قد ينشط الخلايا السرطانية ويسبب تقدمها وانتشارها. المضاعفات الجانبية الأخرى من المضاعفات الجانبية الأخرى التي قد تترابط مع المعالجة الهرمونية التعب الجسدي بنسبة حوالي 14٪ بعد حواي 3 أشهر من العلاج والذي قد لا ينتج أحيانا عن فقر الدم والاضطرابات النفسية أو غيرها من الأعراض الجانبية. ومن المضاعفات الاخرى التي يجب التحري عنها ومحاولة معالجتها فقدان الشعر في الرأس والوجه وجفاف العيون وفقدان الشهية على الطعام وتغيير المزاج الذهني والأرق وفقدان التوازن والضعف العضلي التي قد تؤثر على صورة حياة المريض وتسبب له الانزعاج والعذاب والتي يجب معالجتها حسب شدتها بالمعالجة المتقطعة أو مضادات الاندروجين.