اعتبرت مصادر سياسية مقربة من حركة المقاومة الإسلامية (حماس) أن ظهور جماعة جند أنصار الله يأتي بعد فشل محاولات الانقلاب على الحكومة الفلسطينية المقالة والحركة. وتزامن هذا الموقف مع الاتهامات التي وجهتها منظمة التحرير الفلسطينية لحماس بتكرار التجربة الصومالية والأفغانية في قطاع غزة. وتأتي هذه الاتهامات على خلفية المواجهات التي اندلعت في مدينة رفح بين عناصر جند أنصار الله والأجهزة الأمنية التابعة للحكومة المقالة، مخلفة حسب مصدر حقوقي فلسطيني 28 قتيلا من بينهم زعيم الجماعة عبد اللطيف موسى علاوة على أكثر من مائة جريح. وقال إسماعيل الأشقر نائب رئيس كتلة التغيير والإصلاح بالمجلس التشريعي الفلسطيني إن (خروج مثل هذه الظواهر يأتي في سياق التهديد الصهيوني للحكومة والحركة بعدما فشلت كل محاولات وأد الحكومة والانقلاب على حماس ونتائج الانتخابات وانتهاء بالعدوان الصهيوني الأخير على الشعب الفلسطيني في غزة). ووصف الأشقر في تصريحات صحفية أنصار الجماعة ب(مرضى العقول والضلاليين التكفيريين). ومن جهتها اتهمت منظمة التحرير الفلسطينية حماس بتكرار التجربة الصومالية والأفغانية بقطاع غزة.واتهمت اللجنة التنفيذية للمنظمة في بيان، حماس، بفتح المجال أمام تحويل بيوت الله إلى مراكز للأحزاب والفصائل لترويج الدعاية للتطرف والكراهية والتحريض ضد كل من يخالفها في الرأي والاجتهاد بما فيه الدعوة إلى القتل. وبدورها اعتبرت قيادة السلطة الفلسطينية أن تلك الأحداث هي نتاج لما وصفته بالانقلاب، وغياب السلطة الشرعية وسيادة القانون. ونقلت وكالة الأنباء الفلسطينية (وفا) عن القيادة الفلسطينية قولها في تصريح (إن ما جرى في رفح نتاج طبيعي للانقلاب الذي قسم الوطن، ولغياب السلطة الشرعية وسيادة القانون وللسياسة الظلامية القمعية التي يتبعها انقلابيو حماس). وفي سياق متصل طالب المركز الفلسطيني لحقوق الإنسان في بيان، الحكومة المقالة في غزة، بفتح تحقيق شامل في تلك الأحداث وظروف استخدام القوة المسلحة التي أفضت إلى عدد كبير من الضحايا. وأعلن في هذا الإطار عن دعمه الكامل للجهود الحكومية من أجل جمع السلاح غير الشرعي ومواجهة مظاهر الفلتان الأمني والاعتداء على سيادة القانون، وذلك في إطار ما يسمح به القانون ومع التأكيد على احترام حقوق الإنسان والحريات الأساسية المكفولة دستوريا. وأوضح المركز أن من بين القتلى ثلاثة مدنيين وثلاثة من أفراد الشرطة وثلاثة من أفراد كتائب القسام وثمانية من عناصر الجماعة المسلحة، بينهم قائدها. وأضاف أن الشرطة اعتقلت نحو مائة شخص يشتبه بأنهم من عناصر الجماعة بينهم عدد من المصابين. وكان قائد الجماعة أعلن خلال خطبة الجمعة في مسجد ابن تيمية في رفح إقامة ما أسماه إمارة إسلامية في أكناف بيت المقدس، وهاجم الحكومة في غزة. وقال المتحدث باسم وزارة الداخلية في الحكومة المقالة إيهاب الغصين إن هذه الجماعة تريد العودة إلى الفوضى. واتهم في هذا الإطار أفراد الجماعة بأنهم (يحملون أفكارا منحرفة فكريا ويقومون بتكفير أهل غزة وبالعديد من عمليات التفجير في الأفراح والمقاهي).وشنت قوات الأمن التابعة لوزارة الداخلية في الحكومة الفلسطينية المقالة عمليات تفتيش في رفح وجوارها بعد انتهاء المواجهة، مؤكدة سيطرتها على المنطقة التي تحصن بها عناصر الجماعة. وذكرت تقارير إعلامية أن عشرات الأشخاص شيعوا جثمان موسى الذي دفن في مقبرة بمدينة رفح على الحدود المصرية، في حين توعدت الجماعة في بيان على موقعها على الإنترنت بالثأر لمقتل زعيمها.