يتضمن المشروع نظاماً دقيقاً لتفويج الحجاج لضمان سلامتهم، كما أن أبعاد السلالم والمصاعد متوافقة مع سعة القطارات، ويتم تنظيم خدمة النقل بالقطار بما يتناسب مع أوقات الاستخدام حيث يتم النقل في أوقات الذروة «التصعيد والنفرة» بنظام مجموعات من ثلاث محطات مغادرة إلى ثلاث محطات وصول، أما في باقي الأوقات فيتم العمل بنظام المترو العادي «التوقف في كل المحطات»، ويتم العمل بنظام التفويج، والتحكم بالحشود على غرار ما تم في منشأة الجمرات الحديثة، فيما سيستخدم العداد الإلكتروني للداخلين والخارجين من المحطات وتتم المراقبة بالكاميرات الحاسوبية الحرارية. وستتم إدارة وتشغيل قطار المشاعر المقدسة – الخط الجنوبي لحج عام 1432- على غرار أسلوب التشغيل للقطار بنسبة 35 في المئة في العام الماضي ، حيث تم عقد ورش عمل خلال عام 1432 بمشاركة كافة الجهات المعنية بالحج مع خبراء من الداخل والخارج لوضع التخطيط والتنظيم لتشغيل قطار المشاعر المقدسة في موسم حج 1432 بإدارة وتنفيذ الإدارة المركزية للمشاريع التطويرية في الوزارة. وتهدف خطة التفويج إلى ضبط تدفق الفئة المستهدفة وهم «حجاج الداخل وحجاج دول مجلس التعاون الخليجي و حجاج البر وحجاج جنوب آسيا وبعض الدول العربية» وفق الجداول الزمنية المحددة لركوب قطار المشاعر المقدسة، وستكون مواقع تنفيذ البرنامج بين المخيمات على النحو التالي محطات عرفات الثلاث، محطات مزدلفة الثلاث، ومحطات منى الثلاث، أما آلية تنفيذ البرنامج فتقوم على جداول زمنية محددة لكل محطة من المحطات التسع في الأوقات المختلفة من أيام الحج، وضبط خروج الأفواج من المخيمات داخل نطاق المحطة إلى رصيف القطار، وتطبيق توصيات ورش العمل في المداخل والمخارج للمخيمات الواقعة في مسار القطار، حيث تم عقد ورشة عمل في محافظة جدة في وقتٍ سابق تحت عنوان «برامج تفويج مجموعات الحجاج لمحطات قطار المشاعر المقدسة لموسم حج 1432» بحضور عدد من المختصين في عدد من الجهات الحكومية ذات العلاقة.