توترت العلاقة بين الاسلاميين والحكم الجديد في باكستان اثر اغلاق الحكومة المحلية في بيشاور بعض مكاتب الجماعة الاسلامية حظرها دخول زعيمها القاضي حسين أحمد الى المدينة شهراً كاملاً، بسبب تصريحاته التي انتقد فيها الحاكم التنفيذي زعيم الانقلاب الجنرال برويز مشرف الذي أبدى اعجابه بمؤسس الدولة التركية الحديثة مصطفى كمال أتاتورك. في غضون ذلك نفى ناطق باسم الخارجية الباكستانية ما نشرته صحيفة "هآرتس" الاسرائيلية عن ارسال مشرف "رسالة ودية" الى الحكومة الاسرائيلة وقال الناطق باسم الخارجية الباكستانية ل"الحياة" ان الخبر عارٍ من الصحة. وكانت قوات الأمن الباكستانية في حكومة بيشاور دهمت مقر الجماعة في المدينة واعتقلت مدير مدرسة حديقة العلوم مولوي جاويد حسين الذي سمح للقاضي حسين احمد بإلقاء خطبة الجمعة هاجم خلالها تصريحات مشرف. وكان احمد قال في كلمة سابقة انه "لن يسمح بالشيوعية والعلمانية والكمالية، ولن يُسمح الا بتطبيق النظام الاسلامي ومن لديه ميول اخرى عليه ان يرحل عن هذا البلد". وكانت جماعات اسلامية طالبت مشرف بتعيين فقيه في مجلس الأمن القومي الذي سيشكل برئاسته. وطالب حسين أحمد الانقلابيين بحصر نشاطهم "في المحاسبة"، وعدم توسيع برنامجهم لأنهم لن يلقوا الدعم الشعبي، وشدد في تصريحات له عقب اجتماع اللجنة التنفيذية للجماعة على "تحديد فترة المحاسبة، والعمل على تمهيد الطريق لاعادة الديموقراطية الى البلاد". ونفت مصادر الجماعة في لاهور خلال اتصال هاتفي مع "الحياة" ان يكون قرار المنع والاغلاق صدر من السلطات العسكرية، وقالت انه قرار من السلطات المحلية "والا كيف نعمل في لاهور". وأضافت المصادر ان باكستان لا تزال تعيش فراغاً في السلطة بسبب عدم تشكيل الحكومة. وأكد الأمين العام ل"الجماعة" منور حسين انه اتصل مع القيادة العسكرية التي نفت علمها بقرار الاغلاق او المنع.