أعرب البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقصية، عن "الأسف" لجرح مشاعر المسلمين بسبب تصريحات الأنبا بيشوى سكرتير المجمع المقدس، والتى قال فيها إن بعض آيات القرآن أضيفت بعد وفاة النبى محمد" صلى الله عليه وسلم". وكان بيشوي قد تساءل فى نص محاضرة له وزعت ضمن الكتيب الرسمى لمؤتمر تثبيت العقيدة عما إذا كانت بعض آيات القرآن الكريم قد قيلت وقتما "قال نبى الإسلام القرآن" أم أضيفت فيما بعد فى عهد عثمان"، وفق كذبه. ودعا بيشوي إلى مراجعة القرآن الكريم، وقال بزعمه: "الحوار والشرح والتفاهم يجعل الشخص المقابل لك يبحث داخل ذهنه ويفتش حتى يلغى آية تتهمنا بالكفر". الأمر الذي دعا قيادات إسلامية إلى المسارعة للتصدي لآراء بيشوى ، وأصدر مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر بيانا عبر فيه عن صدمته من التصريحات التي صدرت عن سكرتير المجمع المقدس والرجل الثاني في الكنيسة المصرية متهمينه بإطلاق تصريحات غير مسئولة تهدد بإشعال الفتنة الطائفية، فيما تقدمت رابطة المحامين الإسلاميين ببلاغ للنائب العام ضد تصريحا لجريدة "المصري اليوم" ادعى خلالهت أن المسلمين "ضيوف على مصر". وقال البابا شنودة فى مقابلة مطولة مع التلفزيون المصرى مساء أمس الأحد ورصدتها "أنباؤكم": "أنا آسف جدا أن يحصل جرح لشعور إخواننا المسلمين".وأضاف" "الموضوع مجرد إثارته أمر غير لائق وتصعيده أيضا غير لائق"، وتابع أن "الحوار الدينى يجب أن يكون فى النقاط المشتركة فى المساحة المشتركة". وأكد البابا شنودة أيضا أن "مناقشة المعتقدات الدينية خط أحمر" لا يجب تجاوزه، وأعرب عن اعتقاده أيضا بأن الأنبا بيشوى سكرتير المجمع المقدس القبطى قد يكون ألقى محاضرة موجهة إلى قساوسة وليس للنشر العام. كما اتهم أيضا الصحافة بنقل تصريحات أخرى للأنبا بيشوى بشكل غير دقيق جاء فيها أن المسلمين ضيوف على مصر، وأضاف البابا شنودة " نحن الضيوف والمسلمون هم الأغلبية". الجدير ذكره أن بيشوى كان قد اعتذر قبل مقابلة البابت وقال إن ما جاء فى محاضرته المطبوعة ضمن الكتاب الرسمى لمؤتمر تثبيت العقيدة ال13 المنعقد بالفيوم، قد «أسىء فهمه». وأوضح أن تساؤله عما إذا كانت إحدى آيات القرآن الكريم «قد أضيفت إلى المصحف بعد وفاة النبى»، لم يكن نقداً أو هجوماً بل «تساؤل مشروع» عن نص قرآنى يشعر أنه «يتعارض مع العقيدة المسيحية»، بحثاً عن حل مقبول للخلاف، مؤكداً أنه يرفض الإساءة للإسلام أو تجريح رموزه.