قال سكرتير المجمع المقدس مطران دمياط وكفر الشيخ المصريتين الأنبا بيشوي، إن البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية لم يضغط عليه لإصدار بيان اعتذار للمسلمين حول تصريحاته التي "فسرت" على أنها تحريف آية من القرآن الكريم. وقال بيشوي، في حوار مع صحيفة (الشروق الجديد) المصرية المستقلة نشرته (اليوم) الثلاثاء 28 سبتمبر: "البابا لم يطلب مني أن أفعل شيئا على الإطلاق، ولم يضغط علي، ووافق فقط على أن أصدر بيانا اقترحه عليّ أحد الصحفيين الأقباط لتوضيح موقفي". وأوضح بيشوي أن صحفيا أرسل "فاكسا" إلى الكاتدرائية المرقسية في العباسية بأن مجمع البحوث الإسلامية أصدر بيانا "يستنكر التصريحات المنسوبة إليّ، واقترح أن أصدر بيانا، فأحالت الكاتدرائية الفاكس إليّ، ووصلتني الرسالة من الكاتدرائية دون تعليق أو طلب أو ضغط، فكتبت البيان واستأذنت البابا في إرساله للصحفيين، فوافق على أن أقوم أنا بإرساله". وعما إذا كان البابا وجّه إليه لوما بسبب تصريحاته أو تحدث معه عنها أو استفسر منه عن شيء خاص بها، قال بيشوي: "لم يتحدث معي مطلقا حول هذا الأمر". وكانت تقارير صحفية قد نقلت عن محاضرة للأنبا وزعت ضمن الكتاب الرسمي لمؤتمر عقد في محافظة الفيوم المصرية، أن الأنبا بيشوي يعتقد أن بعض آيات القرآن أضيفت إليه بعد وفاة النبي محمد (صلى الله عليه وسلم)، ودعا إلى مراجعة القرآن. وقال بيشوي إن نص المحاضرة المطبوع فيه كلمة سقطت سهوا وإنه لم يلتزم بالكلام الموجود في الكتاب خلال إلقاء المحاضرة واعتبر هذا إشارة إلى إلغاء ما جاء في النص المطبوع. ولم ينكر بيشوي وجود العبارة التي سبّبت الأزمة في النص المطبوع، لكنه أكد أن "هناك كلمة سقطت سهوا أو خطأ أثناء طباعة الكتيب غيّرت المعنى تماما". تجدر الإشارة إلى أن البابا شنودة اعتذر للمسلمين عن تصريحات الأنبا بيشوي، وقال في مقابلة مع التلفزيون المصري: "لو كنت أعلم بما سيذكره الأنبا بيشوي لرفضته".
