اعرب بطريرك الاقباط الارثوذكس البابا شنودة الثالث عن "الاسف" لجرح مشاعر المسلمين بسبب تصريحات اسقف قبطي قال فيها ان بعض آيات القرآن اضيفت بعد وفاة النبي محمد. وقال البابا في حوار تلفزيوني " أنا آسف جدا لأن يحصل جرح لمشاعر الأخوة المسلمين، كون أننا نشعر أنهم زعلانين فهذا أمر لا يرضينا". وأضاف " الحوار الديني يدار في المساحة المشتركة بيننا، وأن يصب من أجل خير البلد ونشر الفضيلة ولكن لا نتدخل في الخلافات الدينية، فكلا له إيمانه الذي يعتز به". وعدد البابا مجموعة من القضايا المشتركة بين الجانبين كأثبات وجود الله و شرح صفاته للملحدين بالأضافة إلى القضايا الوطنية. وكانت الصحف قد اقتبست من الأنبا بيشوي، الذي يعد الرجل الثاني في الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، تساؤله عما إذا كانت بعض آيات القرآن قد أضيفت في عهد الخليفة عثمان بن عفان كذلك وصفه لمسلمي مصر بأنهم ضيوف على المسيحيين وهو ما أثار ردود فعل غاضبة حيث تظاهر آلاف المسلمين بمدينة الأسكندرية، و أصدر الأزهر بيان شديد اللهجة اعتبر فيها تصريحات سكرتير المجمع المقدس بأنها غير مسئولة. كما أعتبر البابا أن تصريحات بيشوي التي قال فيها أن المسلمين ضيوف على الأقباط، أنها انتزعت من سياقها، مشيرا أنه ليس كل ما ينشر في الصحف يؤخذ على محمل الصدق. وتابع البابا:"أنا على أستعداد بالقول أننا كأقباط ضيوف على المسلمين في مصر لأنهم أغلبية. مضيفا أن مجرد أثارة قضية الضيوف من الأساس أمر غير لائق، و رأى البابا أن بعض الصحف تسيء أستخدام الحرية، فلابد أن تتجه برسالتها نحو خير البلد و ليس أثارة المشكلات". و أشار البابا إلى أنه لم يتوقع تطور الأحداث إلى ذلك الوضع، مستدركا:" لو كنت أعلم ما سيحدث خلال المؤتمر كنت طلبت من الأنبا بيشوي بوقف المؤتمر". وتشكل القضايا الدينية موضوعا بالغ الحساسية في مصر التي يبلغ عدد سكانها 80 مليون نسمة يشكل الاقباط ما بين 6 و 10 بالمئة منهم، وتؤدي احيانا الى توتر واعمال عنف بين المسلمين والاقباط.