أعرب البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقصية عن "الأسف" لجرح مشاعر المسلمين بسبب تصريحات اسقف قبطي قال فيها ان بعض آيات القرآن اضيفت بعد وفاة النبي محمد. وقال البابا شنودة في مقابلة مطولة مع التلفزيون المصري الحكومي بثت الأحد "أنا آسف جدا أن يحصل جرح لشعور اخواننا المسلمين" وأعرب عن استعداده "لترضيتهم بأي طريقة". وأضاف "الموضوع مجرد إثارته أمر غير لائق وتصعيده أيضا غير لائق"، وتابع أن "الحوار الديني يجب ان يكون في النقاط المشتركة في المساحة المشتركة". واكد البابا شنودة أيضا أن "مناقشة المعتقدات الدينية خط أحمر" لا يجب تجاوزه، وأضاف أن "مصر بلد سلام, وهي الداعية للسلام في الشرق الأوسط ومن غير المقبول ألا تنعم بالسلام في داخلها". وقال أيضا " نحن نحتاج دائما إلي تهدئة لهذا التوتر الموجود, والتهدئة لن تأتي بالاثارة, والنار لا تطفئها نار ولكن يطفئها الماء وهذا التوتر لا يعالج بالتوتر وإنما يعالجه السلام والمحبة والهدوء والتفاهم". وشدد علي أن التصريحات التي نسبت إلى الأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس بشأن أن المسلمين ضيوف علي المسيحيين في مصر قد نقلت في الصحف بشكل غير دقيق، مضيفا ان "الأرض ملك الله وكلنا ضيوف عليه, ولا نستطيع أن نقول أن المسلمين ضيوف للأقباط، و إنني مستعد أن أقول إننا نحن المسيحيين ضيوف علي أخوتنا المسلمين فهم الأغلبية". وجاءت تصريحات البابا شنودة بعد يوم من تنديد شيخ الأزهر في مصر أحمد الطيب بتصريحات سكرتير المجمع المقدس. وقال احمد الطيب ان هذه التصريحات تضر بالوحدة الوطنية، جاء ذلك بعد اجتماع يوم السبت 25سبتمبر2010 ترأسه رئيس جامعة الازهر لبحث تصريحات الانبا بيشوي الذي قال بعد تصريحاته انه لم يقصد التهجم على الاسلام. وأعلن مجمع البحوث الاسلامية بالازهر في بيان أن الشيخ احمد الطيب "صدم لما نشر حول تزييف للقرآن الكريم" على لسان الانبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس القبطي. وأضاف البيان أن "مثل هذه التصرفات غير المسؤولة تهدد في المقام الاول الوحدة الوطنية في وقت نحن اشد ما نكون في حاجة لصيانتها"، وحذر البيان من "اننا نرصد هذه التصرفات غير المسؤولة من واقع الحرص على أمن الوطن بمسلميه ومسيحييه ومواجهة الفتن التي يمكن ان تثيرها هذه التصرفات". وكان بيشوي قد حاول تفسير تصريحاته بشأن القرآن قائلا إنه لم يقصد الإساءة إلى الإسلام، واتهم وسائل الإعلام بتحريفه أقواله. وأشار، في تصريحات صحفية لاحقة ، إلى إنه كان قد دار حوار بينه وبين السفير المصري في قبرص قبل سنوات حاول خلاله أن يستوضح ، كما قال، معاني بعض الآيات القرآنية المتعلقة بموقف الإسلام من المسيحيين. وتساءل القس عما إذا كانت آيات محددة فى سورة المائدة بشأن المسيحيين قد أضيفت في وقت لاحق في عهد الخليفة الثالث عثمان بن عفان. وقد وضع بيشوي فحوى الحوار في كتيب وزع ونوقش خلال مؤتمر عقد بمحافظة الفيوم ، جنوب مصر منذ أيام تحت عنوان " تثبيت العقيدة"، غير أنه أكد لاحقا أنه يكن الاحترام للإسلام وأن أقواله قد أسيئ فهمها. يذكر أن مصر شهدت العديد من أحداث التوتر الطائفي بين المسلمين والأقباط مؤخرا ارتبطت بعضها ببناء كنائس جديدة ومزاعم بشأن تغيير الديانة، كما اثير جدل مؤخرا بين الحكومة والكنيسة الأرثوذكسية بشأن بعض المسائل القانونية مثل الزواج الثاني للأقباط ويضمن الدستور المصري حرية التعبير الا ان حساسية شديدة تحيط بمسالة الاديان. ويشكل الأقباط بحسب تقديرات ما بين 6% و 10% من سكان مصر البالغ عددهم نحو 80 مليون نسمة.