أكد الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، أن تصريحاته الأخيرة عن علاقة السنة بالشيعة لا تثير أي فتنة، وان السنة هم أهل المنطق، وإنه دارس للمنطق ويعي ما يتحدث فيه جيدا من قضايا ومسائل دينية، وان ما قاله هو بالتأكيد الأصوب. وجاء تعليق الدكتور الطيب رداً على ما قاله آية الله هاشم بوشهري، إمام صلاة الجمعة في "قم" وعضو مجلس خبراء القيادة الإيرانية من أن تصريحات شيخ الأزهر الأخيرة حول السنة والشيعة بإنها رسائل حساسة وتصريحات متعصبة لا تحل مشاكل المجتمعات الإسلامية"، واصفاً الشيعة بأنهم "أهل المنطق"، ومعتبراً أن الشيخ أحمد الطيب يخلق بتصريحاته "أجواء متوترة ومنح الذريعة للذين لا يعرفون إلا لغة التخويف والإرهاب". وبرر الطيب موقفه قائلا: " ما يصدر مني في أول مرة لا يمكن أن أتراجع عنه فيما بعد ولا يجب أن ادخل في جدل وسجال مع آخرين حول أحاديث أو فتاوى تصدر من الأزهر كأعلى مرجعية إسلامية سنية في العالم لان ما تحدثت فيه بالتأكيد هو الرأي الاصوب". وشدد شيخ الأزهر على أنه ليس مسؤولا عن الرد على كل ما يثار حوله مرة أخرى، قاصداً ما قاله في برنامج " واجه الصحافة " الذي أثار جدلا كبيرا في الشارع المصري والعربي والإسلامي. ورفض الإمام الأكبر أن يرد على أن تصريحاته تخلق أجواء متوترة أو أنها تكون ذريعة لأي خلاف بين دول العالم الإسلامي، وأكد إن ما ذكره بشأن الشيعة والسنة في جامعة الأزهر وكلياته هو الذي يؤكد عليه دون إبداء أي تغيير. وكان الدكتور أحمد الطيب أشار إلى أن الأزهر سيواصل دوره في مسألة التقريب الفكري التي بدأها مع المذهب الشيعي منذ عهد شيخه الأسبق محمود شلتوت، وهو الحوار الذي أدى لتقليل الكثير من التوترات والحساسيات. إلا أنه أكد في السياق نفسه أن التقارب بين السنة والشيعة هو تقارب على المستوى الفكري وفي الحدود العلمية فقط، وأنه يرحب بدراسة الطلاب الشيعة في الأزهر لأنه يرى في ذلك فرصة لتعرفهم إلى المذهب السني. كما شدد على أنه سيكون "يقظاً ومنتبهاً وسيعمل على إبطال أي أجندة سياسية لأي طالب شيعي يدرس في مصر، فهو لا يريد أن يتحول الأمر ل(مصيدة) للشباب السني للتحول للمذهب الشيعي لتتحول بعدها إلى بؤرة، ثم مركز شيعي يعقبه قتال، فهذا أمر لا يمت للإسلام أو للفكر بصلة".