كان من المؤكد ان عضو المجلس التشريعي الفلسطيني وأمين سر حركة فتح الأسير في السجون الاسرائيلية مروان البرغوثي يرغب في ترشيح نفسه لمنصب الرئاسة الفلسطينية خلفا للرئيس ياسر عرفات بعد ان قام مقربون منه بجمع الأصوات التي تخول أي مرشح فلسطيني الدخول في الانتخابات وهي خمسة آلاف صوت. حركة فتح التي أدركت جيدا ان نزول مرشحين للحركة قد يمنح فرصة قوية لمرشحين آخرين في التنافس على منصب الرئاسة او ان البرغوثي قد يسحب البساط من تحت أقدام أبو مازن حيث يحظى بشعبية عارمة بعد ان دفع فاتورة غالية من اجل مواقفه النضالية واعتقاله داخل السجون الإسرائيلية. مصدر فلسطيني رفض ذكر اسمه قال ل (اليوم ) ان الوزير الفلسطيني قدورة فارس والذي اجتمع مطولا مع القيادة الفلسطينية قبل ان يحمل في جعبته العديد من الوعود للبرغوثي وعلى رأسها بذل جهود كبيرة لاطلاق سراحه قبل البدء في أي محادثات مع الجانب الإسرائيلي بالإضافة الى منحه ترشيح نفسه في الانتخابات القادمة على انه مرشح فتح الوحيد. نفس المصدر قال ان القيادة الفلسطينية مطالبة وبشكل جدي بتسليم القيادة الفلسطينية مع حلول قيام الدولة الفلسطينية في عام 2009م الى قيادات شابة مؤهلة لتحمل مسؤولياتها أمام الشعب الفلسطيني والمجتمع الدولي وعلى رأس هذه المؤسسة مروان البرغوثي.. مشيرا إلى أن القيادات الفلسطينية بمجرد انتهاء الانتخابات سيكون في أول سلم اولوياتها تسليم هذه القيادات مهام رسمية واسعة. البرغوثي رفض أي نوع من المقايضة في القضايا الوطنية مقابل إطلاق سراحه ، حيث قال انه لا ينوي ترشيح نفسه للرئاسة الفلسطينية ويدعو أبناء حركة فتح وأنصارها إلى دعم ومساندة مرشح الحركة محمود عباس أبو مازن. البرغوثي وبموقفه هذا عزز من شعبيته داخل المجتمع الفلسطيني حيث طالب باجراء إصلاحات جذرية في مؤسسات السلطة الوطنية وإلى محاربة رموز الفساد، وعبر البرغوثي عن ثقته الأكيدة بأن يوم الحرية قريب بفضل الصمود الأسطوري للشعب الفلسطيني مؤكداً أن حرية شعبنا هي حريته. وفي بيان صادر عن البرغوثي نقله قدورة فارس دعوته إلى المزيد من الوحدة والتلاحم والمشاركة الفعالة في العملية الديمقراطية التي تؤسس لنظام سياسي جديد في فلسطين قائم على سيادة القانون وصيانة الحريات والحقوق وإنصاف المرأة، ووفاء لمبادىء الشهيد القائد ومؤسس حركة فتح الرئيس الفلسطيني الراحل ياسر عرفات. وبرر البرغوثي عدم نيته ترشيح نفسه بالحفاظ على وحدة الحركة وتعميقاً للديمقراطية وتقديراً للمؤسسات الحركية. زوجته فدوى البرغوثي قالت ل (اليوم) ان حرص مروان الشديد على وحدة وتلاحم الشعب الفلسطيني عامة وحركة فتح خاصة في هذه الظروف الدقيقة التي تمر بها القضية الفلسطينية هو الذي دفعه لعدم ترشيح نفسه. وأشارت فدوى البرغوثي الى انه بموقفه هذا يكون قد فوت الفرصة على أعداء الشعب الفلسطيني المتربصين الذين يراهنون على الصراعات والاقتتال الداخلي. ومروان البرغوثي بذلك رغم كونه أسيراً إلا أنه يؤكد مرة أخرى أنه ما زال حاضراً بكثافة في معركة شعبه ومرة أخرى أيضاً يؤكد تمسكه بالمواقف المبدئية الثابتة مهما كلف الثمن. وقالت فدوى البرغوثي إن كل ما اشيع عنه أن مروان يطالب في المرحلة القادمة بأن تكون مرحلة احترام المؤسسات وسيادة القانون والخيار الديمقراطي مشيرة الى أن البرغوثي بصحة جيدة ويتمتع بمعنويات عالية، رغم ظروف سجنه القاسية جداً فهو موجود في العزل الكامل عن بقية السجناء وعن العالم الخارجي، حيث لا يسمح لنا بزيارته لكن النائب زحالقة الذي قابله طمأننا على صحته. فلسطينيون يحملون صورة البرغوثي في الضفة الغربية