في الوقت الذي تكثف فيه الحكومة السودانية جهودها لرفع اسمها من قائمة الإرهاب، سلمت السلطات الأميركية المواطن السوداني أمير عبد الغني، الذي كان سببا في وضع السودان في لائحة الإرهاب إلى بلاده ودين بالتآمر لتفجير مقر الأممالمتحدة، وأماكن بارزة أخرى في نيويورك بعد قضاء فترة عقوبته. قائمة الإرهاب وحكمت السلطات الأميركية في العام 1996م على عبد الغني 59 عاما بالسجن 30 عاما بتهمة التآمر مع 8 آخرين منهم ابن عمه و3 سودانيين آخرين، والشيخ المصري عمر عبد الرحمن لتفجير عدة أماكن في نيويورك، منها مبنى الأممالمتحدة ومكتب المباحث الفيدرالية. وبعد شهرين من القبض على المجموعة قامت إدارة الرئيس الأميركي الأسبق بيل كلينتون بوضع اسم السودان على قائمة الإرهاب. رفع اسم السودان ومن غير المؤكد اعتبار الخطوة الأميركية بادرة نحو رفع اسم السودان من قائمة الإرهاب، ولكن أشار وزير المالية السوداني إبراهيم البدوي قبل يومين إلى وجود تفهم أميركي لرفع الخرطوم من قائمة الإرهاب، مبينا أن الحكومة تعمل على تأمين الدعم لاقتصاد السودان. أعضاء سودانيين وشملت الخلية أعضاء سودانيين كانوا مقيمين فى أميركا، وهم صديق إبراهيم صديق علي، أمير عبد الغني، فارس خلف الله، طارق الحسن، فضل عبد الغني. وسقطت الخلية نتيجة لعمل ضابط جيش مصري سابق كان يعمل مخبرا لحساب مكتب المباحث الفيدرالية الأميركية يدعى عماد سالم، قام باختراق الخلية باعتباره مترجما ومرافقا للشيخ عمر عبدالرحمن، وقام بتسجيل حديثهم. وقام مكتب المباحث الفيدرالية الأميركية بزرع أجهزة تنصت في مقر بعثة السودان في الأممالمتحدة في نيويورك، وتم ذكرها في أوراق القضية باعتبار أن اثنين من الدبلوماسيين سراج يوسف وأحمد يوسف محمد ناقشا مع أحد أعضاء الخلية مساعدتهم في دخول جراج الأممالمتحدة لتفجيرها، فيما أمهلت الولاياتالمتحدة في 1996 أحمد يوسف 48 ساعة لمغادرة البلاد لضلوعه في أعمال إرهاب وتجسس، أما سراج فكان غادر قبلها. قضايا الإرهاب وعاني السوداني كثيرا من قضايا الإرهاب في عهد الرئيس السابق عمر حسن البشير، ولاحقت الولاياتالمتحدة السودان بتهم إرهاب عديدة أبرزها تفجيرات نيروبي ودار السلام في 28 مارس 2016، وتفجير المدمرة الأميركية كول، الذي وقع عام 2000 في عدن باليمن، وأسفر عن مقتل 17 بحارا أميركيا. دفع المليارات وواجه السودان قرارا من محكمة واشنطن بدفع حكومة السودان مليارات الدولارات كتعويض لأسر ضحايا تفجيرى السفارتين الأميركيتين في نيروبي ودار السلام عام 1998، اللذين أسفرا عن مقتل 224 شخصا وجرح أكثر من ألف آخرين، وردت أميركا بشن غارات صاروخية على مصنع الشفاء الواقع قرب العاصمة الخرطوم. تفجيرات كول وفي مارس 2007، أصدرت محكمة فيدرالية في ميناء نورفولك بولاية فرجينيا حكما يلقى بالمسؤولية على السودان في تفجير المدمرة الأميركية كول، وهو الحادث الذي وقع عام 2000 في عدن باليمن، وأسفر عن مقتل 17 بحارا أميركيا، وذلك بعد أن رفع ست من أسر هؤلاء البحارة الجنود دعوى أمام هذه المحكمة. الملاحقات الأميركية للسودان منذ 1989 وضع اسم السودان على قائمة الإرهاب 1993 اتهام السودان وإيران بتفجيرات نيروبي ودار السلام في 2016 تفجير المدمرة الأميركية كول عام 2000 في عدن غارات صاروخية أميركية على مصنع الشفاء بالخرطوم 1998