أفرز اشتعال المعركة بين تيارات المثقفين والنخبة المصرية حول طرفي موقعة جولة الإعادة للانتخابات الرئاسية التي انحصرت بين الدكتور محمد مرسي والفريق أحمد شفيق عن تيار احتجاجي ثالث يدعو لمقاطعة الانتخابات أو إبطال التصويت رفضاً لنتيجة الجولة الأولى التي أفرزت ما رأوا أنها منافسة بين "دولة الفلول ودولة المرشد". غير أن هذه الدعوة للمقاطعة قوبلت بانتقادات من قبل بعض المثقفين والخبراء، حيث اعتبر أستاذ العلوم السياسية بالجامعة الأميركية بالقاهرة عز الدين شكري أن المقاطعة تصب في مصلحة المحتج عليه، وتجعل صوت مؤيده بصوتين، لأن المقاطعة تحرم المنافس من صوت الممتنع. بدوره رفض وزير الثقافة السابق شاكر عبد الحميد خيار المقاطعة، مطالباً القوى الثورية بالاتحاد خلف المرشح الأفضل. أما الإعلامي علاء الأسواني الذي يعرف بأنه من أبرز مناهضي شفيق فيرى أن المقاطعة لن تصب إلا في مصلحة "تابع مبارك" كما وصفه. ودعا لمناظرة علنية لمواجهة شفيق بما قال إنها اتهامات فساد بلغت 35 تهمة. وقال عبر حسابه على موقع تويتر "أدعو شفيق إلى مناظرة على قناة (أون تي في) حتى أواجهه باتهامات الفساد ضده، وعددها 35 تهمة". وتابع "في حالة الإعادة بين شفيق ومرسي فنحن أمام اختيار صعب لكنه ضروري. إما عودة نظام مبارك والقضاء على الثورة، أو تكوين ائتلاف مع الإخوان لإسقاط شفيق". وتناسى الأسواني خلافاته مع الإخوان قائلاً "عودة النظام السابق تمثِّل نهاية الثورة. ومع أن رأيي في الإخوان معروف، إلا أنه ليس أمامنا إلا تشكيل ائتلاف معهم ضد شفيق. ومن ينسحب الآن يقتل الثورة". من جانبه شن الكاتب الصحفي ورئيس مجلس إدارة دار الهلال حلمي النمنم هجوماً كاسحاً على الإخوان ومرشحهم محمد مرسي، وقال إن الإخوان لديهم مشاكل كثيرة، وهناك علامات استفهام متعدِّدة يجب أن يردّوا عليها، منها: ما هي حدود العلاقة بين رئيس الجمهورية والتنظيم الدولي للإخوان؟ ولو تعارضت مصلحة تنظيمهم مع المصلحة العليا لمصر ماذا سيكون اختيارهم؟ وأضاف "إلى أين يتجه ولاء رئيس الجمهورية؟ لمصر أم للمرشد العام؟". من جانبه قال الكاتب بلال فضل إن من السهل على الشعب أن يقوم بمواجهة الإخوان إذا ما وصلوا للرئاسة، ولكنه من الصعب عليه أن يواجه شفيق ويقوم بتغييره، "لأنه يمثل رأس أخطبوط من ألف ذراع". وبدا عضو المجلس الاستشاري صلاح فضل أكثر توازناً عندما قال "إذا نجح مرسي في جولة الإعادة، فإنه يتوجب على الإخوان أن ينشغلوا بنهضة مصر، وأن لا يشغلوا أنفسهم بقضايا أسلمة الدولة ومحاربة ما يرونه منكراً.