نفذت هيئة الرقابة والتحقيق برنامجاً رقابياً إدارياً للتأكد من متابعة وزارة التربية والتعليم لمدى ملاءمة مباني مدارس التعليم العام الأهلية والحكومية للخدمات التعليمية وتوفر وسائل السلامة بها إضافة لتوفير المعلمين بشكل كاف وتوزيع الكتب المدرسية على المدارس والتأكد من التزام إدارات المدارس وإدارات التربية والتعليم بالعقود المبرمة لشراء التالف من الورق. كما نفذت الهيئة عدداً من برامج الرقابة المالية، من أبرزها البرنامج الرقابي المالي لتأكد من مدى استغلال الطاقة الاستيعابية للمستشفيات، ومدى تأمين صرف الأدوية، إضافة لبرامج رقابية مالية على عقود الصيانة والنظافة بالمستشفيات، وعلى متعهدي عقود الصيانة والنظافة بالمدارس الحكومية، وعلى عقود الصيانة والنظافة بالإدارات الحكومية عموماً. مراقبوها وقفوا على آلية بيع السيارات المصادرة من الشرط ومكافحة المخدرات وبين تقرير "الرقابة والتحقيق" للعام المالي 1433 – 1434ه أن ما قامت به الهيئة من 32 برنامجا رقابيا إداريا و15 برنامجا رقابيا ماليا، شملت 21 جهة حكومية من وزارات وإدارات تابعة لها، جاء بهدف متابعة مستوى الأداء ومدى التقيد بالأنظمة والتعليمات من قبل تلك الجهات الحكومية، حيث بلغت نتائج متابعة تنفيذ البرامج الرقابية الإدارية للجهات المعنية، فيما رفعت نتائج متابعة تنفيذ البرامج الرقابية المالية للمقام السامي والجهات المختصة. وتابع التقرير أن الهيئة نفذت برنامجاً رقابياً على حسن استخدام السيارات الحكومية، من ضمن برامج الرقابة المالية في الجهات الحكومية، إضافة للبرنامج الرقابي على الأوراق ذات القيمة، والبرنامج الرقابي الخاص بالبيانات التجارية، وكذا البرنامج الرقابي الخاص على إدارات تنمية الاستثمارات بالبلديات، وبرنامجاً رقابياً لتقييم إجراءات الرقابة الداخلية في الإدارات المالية بالجهات الحكومية، بالإضافة إلى برنامج رقابي على القواعد التي تنظم وتحكم الرقابة على تلقي الجهات الحكومية تبرعات عينية أو نقدية. كما نفذت "الرقابة والتحقيق" برامج رقابة مالية لفحص بيع السيارات المصادرة بإدارات الشرط ومكافحة المخدرات، وبرنامج رقابي على الإجراءات المتبعة فيما يتعلق بالبضائع المهربة والحجوزات لدى إدارات الجمارك بالمنافذ البرية، وبرنامج رقابي على تحصيل رسوم وأجور خدمات الموانئ والمرافق بالمملكة والمرتبطة بالمؤسسة العامة للموانئ، إضافة لبعض برامج الرقابة المالية الخاصة، مثل البرنامج الرقابي على وكالات السفر والسياحة، والبرنامج الرقابي لسقيا الأهالي بواسطة الصهاريج بمناطق المملكة. وأشار تقرير هيئة الرقابة والتحقيق للعام المالي 1433 – 1434ه الى أن الهيئة نفذت البرنامج الرقابي عن مدى التزام منسوبي الجهات الحكومية بأوقات الدوام الرسمي، وذلك ضمن برامج الرقابة الإدارية في الجهات الحكومية، وبرنامج رقابي عن سلامة الموظف والبيئة المحيطة به، وبرنامج عن أوضاع المتعاقدين غير السعوديين في الأجهزة الحكومية، وبرنامج عن مدى تقيد الجهات الحكومية والتزامها بتعليمات تثبيت العاملين على لائحة المستخدمين وبند الأجور، وبرنامج عن مدى التزام الجامعات بتوظيف السعوديين.