نفذت هيئة الرقابة والتحقيق برنامجاً رقابياً إدارياً للتأكد من متابعة وزارة التربية والتعليم لمدى ملاءمة مباني مدارس التعليم العام الأهلية والحكومية للخدمات التعليمية وتوفر وسائل السلامة بها إضافة لتوفير المعلمين بشكل كاف وتوزيع الكتب المدرسية على المدارس والتأكد من التزام إدارات المدارس وإدارات التربية والتعليم بالعقود المبرمة لشراء التالف من الورق. كما نفذت الهيئة عدداً من برامج الرقابة المالية، من أبرزها البرنامج الرقابي المالي لتأكد من مدى استغلال الطاقة الاستيعابية للمستشفيات، ومدى تأمين صرف الأدوية، إضافة لبرامج رقابية مالية على عقود الصيانة والنظافة بالمستشفيات، وعلى متعهدي عقود الصيانة والنظافة بالمدارس الحكومية، وعلى عقود الصيانة والنظافة بالإدارات الحكومية عموماً. وبين تقرير "الرقابة والتحقيق" للعام المالي 1433 – 1434ه أن ما قامت به الهيئة من 32 برنامجا رقابيا إداريا و15 برنامجا رقابيا ماليا، شملت 21 جهة حكومية من وزارات وإدارات تابعة لها، جاء بهدف متابعة مستوى الأداء ومدى التقيد بالأنظمة والتعليمات من قبل تلك الجهات الحكومية، حيث بلغت نتائج متابعة تنفيذ البرامج الرقابية الإدارية للجهات المعنية، فيما رفعت نتائج متابعة تنفيذ البرامج الرقابية المالية للمقام السامي والجهات المختصة.