أرجعت المؤسسة العامة لتحلية المياه النقص العددي في كواردها البشرية، إلى عدم اعتماد وظائف التشغيل والصيانة ورفض تعديل المستويات الوظيفية ليتم للمؤسسة وضع مستقبل وظيفي للمتميزين من منسوبيها والذين تجمدت رواتبهم على الأحد الأعلى. واشتكت المؤسسة من التسرب الوظيفي الملحوظ وعدم مقدرتها على استقطاب ذوي الكفاءات المتخصصة من الجهات الصناعية المماثلة وذلك لقلة الميزات والحوافز مثل التأمين الطبي وبدل السكن. وأوضح تقرير تحلية المياه المالحة الصعوبات التي تواجه المؤسسة فأضاف إلى ماسبق معاناتها من عدم كفاية الاعتمادات المالية لبرنامج تشغيل وصيانة محطات التحلية ومرافقها، وكذلك عدم اعتماد المبالغ المالية المخصصة للنظام الأمني الشامل لجميع محطات التحلية وبعض المرافق الأخرى. وأظهر التقرير تأخر صدور قرار إنشاء الشركة الخلف للمؤسسة والتحول للعمل على أسس تجارية، وشكوى المؤسسة من وجود نظامين تعمل بهما وهما التشغيل والصيانة والخدمة المدنية، الأمر الذي سبب ازدواجية في الأنظمة والمهام الإشرافية، كما أوضحت المؤسسة التأخير في الحصول على التراخيص اللازمة لمسارات خطوط الأنابيب من الجهات الحكومية ذات العلاقة، والتأخير في وصول بعض قطع الغيار المؤثرة في المحطات القديمة التي لم يتم إعادة إعمارها بسبب تقادم المعدات وخروج مصنعيها من الخدمة. واقترحت المؤسسة لتذليل الصعوبات، اعتماد وظائف التشغيل والصيانة التي تم طلبها وفتح وظائف من تجمدت رواتبهم على الحد الأعلى للوظائف التي يشغلونها بسبب الفجوة الكبيرة في التدرج الوظيفي بين بعض المستويات. وطالبت المؤسسة في تقريرها المقدم لمجلس الشورى بمنح ميزات عادلة للعاملين بها كالميزات التي تقدمها الجهات الصناعية المماثلة في النشاط من حيث الراتب والرعاية الطبية الشاملة وبدل السكن والقروض والبدلات كبدل المناوبة وبدل المشقة، وترى المؤسسة أهمية دعم مشاريع النظام الأمني الشامل لأهمية أمن وسلامة منشآت المؤسسة الحيوية. من جهتها درست لجنة المياه والخدمات العامة بمجلس الشورى تقرير المؤسسة العامة لتحلية المياه والمعوقات التي وتواجهها واستجابت لبعض الصعوبات بالتوصية بحلها من خلال مطالبتها بتطبيق نظام العمل على جميع العاملين في المؤسسة مع تخصيص مزايا لهم كالسكن والتامين الطبي الصحي أسوةً بالقطاعات الصناعية المشابهة، حيث يبلغ الخاضعين للخدمة المدنية نحو5% فقط من موظفي المؤسسة.