أثار اقتراح كتلة حركة النهضة في المجلس الوطني التأسيسي مسألة إدراج "مجلس اسلامي أعلى " ضمن الدستور خلافا حادا بين نواب النهضة و مجمل نواب الكتل الحليفة للنهضة والمعارضة لها باعتبار ان هذا المجلس المقترح تضمينه في الدستور الجديد يمكن ان يقود وفق تقدير المعارضين نحو اقامة سلطة دينية موازية للسلطة المدنية التي تعد محل إجماع بين القوى الحية في البلاد.. وخلال مناقشة اللجنة التأسيسية حول الهيئات الدستورية استمعت اللجنة إلى آراء المفكر الإسلامي حميدة النيفر - من رموز ما يطلق عليه "الفكرالإسلامي التقدمي" في تونس - الذي دافع على فكرة دسترة المجلس الاسلامي الاعلى وتمكينه من الاستقلالية عن السلط السياسية وضمان تمثيله لكافة قوى المجتمع حتى يتولى مهمة "تطوير الخطاب الديني ونحت فكر اسلامي تونسي معاصر وبناء التعايش بين المسلمين وبين المسلمين وغيرهم مشيرا إلى أن الفصل الاول من الدستور التونسي ينص على أن تونس دولة دينها الاسلام وقال حميدة النيفر "نحن ليست لدينا مرجعية اسلامية في تونس تؤكد هذا (ما جاء في الفصل الأول) وليست لدينا كذلك سلطة علمية دينية تاريخية " مضيفا ان "السلطة الوحيدة التي وجدت هي الطاهر بن عاشور" وهي سلطة "أجهضت سياسيا " ولئن أيد أعضاء اللجنة التأسيسية حول الهيئات الدستورية بعث مجلس إسلامي أعلى يرعى الجوانب الدينية في حياة التونسيين فقد بيّنت النقاشات عدم الاتفاق على دسترة هذا المجلس بين نواب حزب النهضة من جهة وحلفائها في الترويكا الحاكمة والمعارضة من جهة أخرى وقال رئيس اللجنة ان "دسترة المجلس الاسلامي الاعلى تخلق تنافسا يطرح مشكلة دستورية " بينه وبين هيئات أخرى مثل المحكمة الدستورية كما يجعله في "تنافس مع السلطة التشريعية " وقال ان "الافضل هو ان يبقى المجلس في مرتبة ما تحت دستورية وأن يظل الخطاب الديني بعيدا عن التجاذب..كما أبدى بقية النواب خشيتهم من ان يحمل المجلس الاسلامي الاعلى "سلطة موازية ويخلق فئة رجال الدين ويتغوّل بشكل لا يمكن التحكم فيه مما يمس من مدنية الدولة معربين عن مخاوفهم من ان "تصبح هذه المؤسسة الدينية وسيلة لتغيير نمط المجتمع التونسي ومرجعية سابقة عن المرجعيات الاخرى السياسية والاقتصادية وان تصبح هيئة تشريعية تقريرية ". أما نواب حركة النهضة فقد حاولوا طمأنة معارضيهم حول دسترة المجلس بالتأكيد على انه سيدافع عن "الاسلام الوسطي المعتدل بعد سنين من المقاربة الاستئصالية التي عانينا منها" على حد قول النائبة حبيبة التريكي التي اقترحت ان تكون للمجلس "سلطة استشارية وجوبية وليس تقريرية ". من جهة أخرى أثار فتح مدرسة إبتدائية للتعليم الزيتوني الأصلي برادس كأوّل مدرسة ابتدائية زيتونية تحت اشراف مشيخة جامع الزيتونة.استياء البعض الذين اعتبروا هذه المدرسة ستهدد أسس التعليم الأساسي في تونس وتمهد لأسلمته....وقد علق عدد من الناشطين على شبكة التواصل الاجتماعي أن هذه المدرسة تشبه المدارس التي أنشأتها حركة طالبان في أفغانستان والتي كانت تعلم التلاميذ الصغار اساليب "الجهاد وقتال الكفار" خاصة وأن المدرسة الزيتونية ستخصص الجزء الأوفر من برامجها لتعليم القرآن والأحاديث والعلوم الدينية...كما ان التعليم بالمدرسة الزيتونية سيكون تعليما موازيا ومستقلا عن وزارة التربية. وزير التربية التونسي عبد اللطيف عبيد شدد على ان الوزارة لم تتلق أي طلب بخصوص إحداث مدرسة ابتدائية زيتونية مضيفا بان القانون التونسي ينص على أن إحداث مؤسسات التعليم الخاص بجميع مراحله يخضع إلى ترخيص مسبق من قبل وزارتي التربية والتعليم العالي والبحث العلمي. واعتبر وزير التربية أن المؤسسات التربوية الخاصة ملزمة بتدريس البرامج الرسمية مع إمكانية إضافة مواد أخرى بترخيص أيضا من وزارة الإشراف، مضيفا أن الأنشطة التربوية التي يعتزم جامع الزيتونة تنفيذها لابد أن تخضع للقانون المنظم للقطاع التربوي....وقال الوزير انه في حال بدأت الدروس في هذه المدرسة دون ترخيص من وزارة التربية فإن الأمر يصبح بيد السلطات الأمنية الملزمة بتطبيق القانون حسب قوله.