تشكل بحيرات محافظة الأحساء مواقع بيئية جميلة تجذب السياح من مختلف مناطق المملكة بجمال طبيعتها ووفرة مياهها وتعدد الأنشطة السياحية حولها. وتمثل بحيرة «الأصفر» بالأحساء أكبر بحيرة في الجزيرة العربية، حيث تصل لأكبر مدى جغرافي بمساحة 48 كم في منطقة الخليج وتعتبر الوحيدة في المملكة التي تعيش فيها حياة فطرية متكاملة. وموقع بحيرة الأصفر هو من المواقع الاثني عشر التي انضمت بها واحة الأحساء إلى قائمة التراث العالمي لليونسكو، وأصبحت البحيرة ضمن المسارات السياحية التي اعتمدتها هيئة السياحة في الأحساء. وتعد بحيرة الأصفر أحد أهم المواقع السياحية البيئية في المملكة، وتحظى بإقبال السياح لما تتمتع به من طبيعة خلابة وغطاء نباتي، حيث إنها محاطة بأنواع متعددة من الأشجار مثل أشجار الأرطى والشنان والسرخس، ويطلق عليها بعض الشيوخ في الأحساء «كحل الصيف وبياض الشتاء»، نسبة لزيادة الصرف الزراعي الذى يحول البحيرة للون الغامق صيفا وفى الشتاء تزداد مياه الأمطار فيصبح اللون فاتحا. وتعتبر البحيرة محطة استراحة لهجرات الطيور المختلفة التي تعبر مرتين في العام من الشمال إلى الجنوب ومن الجنوب إلى الشمال، وتتنوع هذه الطيور من كبيرها كالبط والأوز إلى صغيرها كالبلابل والعصافير. كانت تسمى البحيرة سابقا ببحيرة هجر ثم أخذت اسمها الحالي من الأصفر الثعلبي حاكم المنطقة في عصر بني العباس. وتحيط بالبحيرة الكثبان الرملية، ولذا يعتبر الوصول إليها أمرا شاقا إلا عن طريق سيارات الدفع الرباعي. وذُكرت البحيرة على لسان العديد من المؤرخين الذين ذكروا أن البحيرة هي أصل المياه في الأحساء قديماً، حيث كانت سابقا امتدادا لنهر المُحَلم العظيم الذي يمتد من عين الحارة والعيون القريبة منها ليمر عبر جبل القارة ليصب في الخليج العربي، وكان ممراً للمراكب والسفن حسب ما ذكر المؤرخ عبدالخالق الجنبي، وبعد انقطاع النهر وجفافه جاء القرامطة سنة 929م، في عهد عبدالله بن الحسن القرمطي بنظام ري زراعي منظم حسب انسيابية الأرض لتنتهي بتجمّع مائي ضخم شرق العمران مباشرة. ومن بحيرات الأحساء أيضا بحيرات العيون، حيث يوجد في الأحساء عدد من العيون التي جف معظمها، وقد أنشأ الناس في الماضي نظاماً للري والتحكم في مياه العيون والينابيع بحيث أمكن للمياه أن تجري في قنوات خاصة لتتجمع المياه في مناطق منخفضة خارج المناطق العمرانية مشكلة عددا من البحيرات نبتت فيها وحولها بعض الأعشاب والنباتات المائية واستقطبت بعض الطيور المهاجرة. يُذكر أن واحة الأحساء، تُعد أكبر واحة في العالم، وأُدرجت مؤخراً ضمن لائحة اليونيسكو للتراث العالمي، وتحتوي على بساتين النخيل، والقنوات، والعيون، والآبار، والكهوف، والجبال، والسهول، وبحيرة الأصفر، والمستوطنات البشرية، بالإضافة إلى مبان تاريخية ونسيج حضري ومواقع أثرية.