شكّل اختيار رئيس للحكومة المصرية خلافاً بين القوى السياسية المصرية، ففي الوقت الذي استنكرت الجبهة الحرة للتغيير السلمي وتحالف القوى الثورية أمس، تراجع الرئاسة المصرية عن تكليف الدكتور محمد البرادعي برئاسة الوزراء، وأكدت الجبهة أنّ ذلك يأتي بعدما قام حزب النور وبضغوط أمريكية شديدة بالاعتراض على اسم الدكتور البرادعي وترشيح الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح لتولي الحكومة، وطالبت القوى الثورية المستشار عدلي منصور بالتمسك بقراره والثبات على مبدئه والتشبث بسفينة الثورة التي أتت به إلى هذا المنصب وتكليف الدكتور محمد البرادعي بتشكيل الحكومة. فيما أكد منير فخري عبد النور، وزير السياحة السابق والأمين العام لجبهة الإنقاذ، أنّ الدكتور محمد البرادعى هو الاسم الذي اقترحته ورشحته مؤسسة الرئاسة لتولي منصب رئيس الوزراء، ونال موافقة القوى السياسية، بما فيها جبهة الإنقاذ وحركة تمرد وتنسيقية 30 يونيو وغيرها وقال عبد النور إن المشكلة في تأخر إعلان اسم محمد البرادعي لرئاسة الحكومة، قد تكون بسبب الانطباع السائد بأنه مرشح جبهة الإنقاذ، رغم أنه مرشح الرئاسة، ونال رضا الشارع، وأضاف عبد النور، أعتقد أنّ هناك جهود وساطة في محاولة لإقناع الأطراف المعترضة على اسم البرادعي لرئاسة الحكومة، والخروج من الأزمة . من جهتها طالبت جبهة ثوار مصر ، المستشار عدلي منصور رئيس الجمهورية المؤقت بإصدار إعلان دستوري ، يؤكد على حل الأحزاب ذات المرجعية الدينية ، وذلك طبقاً لمواد كل الدساتير المصرية السابقة ، وحتى الدستور المعطل والذي نصت فيه المادة الخامسة على أنه لا يجوز مباشرة أي نشاط سياسي أو قيام أحزاب سياسية على أية مرجعية دينية أو أساس ديني. على صعيد آخر أعرب محمد عمرو، وزير الخارجية المصري عن أسفه الشديد لصدور قرار مجلس السلم والأمن الأفريقي، بتعليق عضوية مصر في أنشطة الاتحاد الأفريقي نتيجة ما اعتبره الاتحاد الأفريقي «تغييراً غير دستوري في الحكومة المصرية»، وقال إن القرار غير منصف ومتعجّل، وقاصر عن فهم حقيقة ما حدث في مصر من ثورة شعبية استهدفت تصحيح المسار الديمقراطي في البلاد وأوضح «عمرو» أن وزارة الخارجية بدأت في اتخاذ خطوات عاجلة وإجراء اتصالات مكثفة مع العديد من الدول الأفريقية، وعلى وجه الخصوص أعضاء مجلس السلم والأمن التابع للاتحاد الأفريقي، للإعراب عن استياء مصر من ذلك القرار الذي تجاهل طموحات الشعب المصري وتطلعاته.