أوصى الملتقى العلمي الأول للمعاهد العلمية القرآنية الذي رأس جلسته الختامية المهندس عبد العزيز حنفي، رئيس جمعية خيركم ، بضرورة السعي لاعتماد مناهج المعاهد ومد جسور التعاون بين المعاهد، والشراكة مع الجامعات والمؤسسات العلمية، واعتماد كادر وظيفي لخرجي المعاهد ، والمراجعة الدورية للمقررات وتطويرها. وشدد الملتقى على ضرورة الاهتمام بالتعليم الإلكتروني والتعليم عن بُعد، وتطبيق معايير الأداء المتميز، وتعريف المجتمع ببرامج المعاهد القرآنية، والاهتمام بالخريجين والتواصل معهم وتطويرهم وتوظيفهم، وحث جمعيات تحفيظ القرآن الكريم لفتح المعاهد العلمية، وتطوير برامج التدريب في المعاهد ، والتوصية بتحويل معهد الإمام الشاطبي لكلية جامعية.