انعقدت ورش عمل سبقت أعمال ملتقى «تهافت الفكر الإلحادي»، ناقشت عدداً من القضايا المهمة في الفكر الإلحادي، من أجل كشف بعض الجوانب الخفية، وتبيان وتوضيح العديد من الأمور المرتبطة به. من جهته، ألقى المشرف العام على الملتقى الدكتور خالد بن منصور الدريس ورقة بعنوان «حصار الشك مقدمات منهجية»، ناقش فيها ثلاثة محاور أساسية، هي: الشك مفهومه ومستوياته، واستراتيجية التعامل مع أسئلة التشكيك، وأهم الكتب المعاصرة للإجابة عن أسئلة الشك. وتحدث عن الخطوات التوعوية حول شيوع مشكلة التشكيك في أركان الإيمان عبر وسائل الإعلام الجديدة، وتطرق إلى تعريف الإلحاد وذكر أشهر أنواع الملاحدة، وجاء فيها المنكر والربوبي واللا أدري، وتطرق إلى أسباب ظهور الشك في الدين وأركانه (مثل ضعف اليقين، والانفتاح المعرفي، وعدم الاحتواء). الجلسة الثانية خصصها عبدالله بن سعيد الشهري للحديث عن «مدخل إلى معالم ومرتكزات الإلحاد الحديث» بحسب عنوان الأطروحة، رحب فيها بالملاحدة «المحترمين المتابعين عن بعد» ودعاهم للاستفادة، وطرح سؤالاً مهماً خلال جلسته جاء نصه: ما نتيجة التأزم؟ وتحدث عن أسباب الإلحاد، وعن علاقة المشايخ والدعاة والمناهج والتعليم والدين، والعلم الطبيعي ونظرية التطور والتخلف الحضاري والتفكير الموضوعي، وعلاقة كل ذلك بموضوع الإلحاد، كما تطرق إلى مراتب الملاحدة وطبقات المؤمنين. وجاءت الجلسة الثالثة بمحاضرة بعنوان: «الإلحاد الجديد ومحركاته» قدمها عبدالله بن صالح العجيري، شملت محاورها: تطورات الإلحاد الجديد، وتطوير الخطاب العقدي، ومحركات الإلحاد الجديد. وتحدث عن تطورات الإلحاد الجديد، والدعوة إلى الإلحاد، وموقع الإسلام من صراع الإلحاد، والتطورات العلمية، والإعلام والترويج للإلحاد، وموارد الإلحاد من شبابنا. كما ناقش موضوع تطوير الخطاب العقدي، مثل تحري الدقة والموضوعية، وعدم تسطيح الظاهرة، وتجديد الخطاب العقدي للاستجابة لمثل هذه النازلة العقدية، ودرء تعارض العلم التجريبي والنقل، وتقديم رؤى هجومية وعدم الاكتفاء بالدفاع.