أعلن الفاتيكان اقامة علاقات دبلوماسية مع دولة جنوب السودان، على مستوى السفراء، في واحد من القرارات الاخيرة في عهد ولاية البابا بنديكتوس السادس عشر. وافاد بيان مقتضب ان "الكرسي الرسولي وجمهورية جنوب السودان اتفقا على اقامة علاقات دبلوماسية على مستوى البعثة البابوية والسفارة في اطار رغبتهما في تعزيز علاقات الصداقة المتبادلة". ودعا الفاتيكان المجتمع الدولي الى "مساندة السودان وجنوب السودان من اجل اقامة حوار صريح وسلمي وبناء بهدف تسوية المسائل العالقة بينهم في اطار من العدالة والانصاف". وخاضت الكنائس في جنوب السودان حملة من اجل استقلال المنطقة، التي اجتاحتها الحرب الاهلية، لكن انفصال السودان لم يحل مشكلاتها. ولا يزال الوضع بالنسبة للمسيحيين متفجراً، لأن الانفصال تم على اساس ديني، فأغلب سكان الشمال مسلمون، واغلب سكان الجنوب مسيحيون او من القبائل ذات المعتقدات الطبيعية، كما افادت اذاعة الفاتيكان. ورحلت الخرطوم معظم الكاثوليك باتجاه الجنوب، ولم يبق منهم سوى اقلية في الشمال.