دعت منظمة "العفو الدولية" السلطات المصرية إلى "التحقيق بشكل مستقل وفعال في مقتل مئات المحتجين منذ أوائل العام 2011، إذا ما أرادت إبعاد البلد عن الانتهاكات التي وسمت حقبة حكم نظام الرئيس السابق حسني مبارك". وقالت المنظمة ان "النقص شاب التحقيقات والملاحقة القضائية للمسؤولين عن مقتل حوالي 840 شخصاً وإصابة ما لا يقل عن 6600 آخرين بجروح مختلفة أثناء تلك الاحتجاجات التي وضعت حداً لحكم مبارك القمعي وقادت إلى انتخاب أول رئيس مدني لمصر، والتي قامت قوات الأمن بقمعها بكل وحشية". وأضافت العفو الدولية أن "قوات الأمن استخدمت أثناء الانتفاضة قنابل الغاز المسيل للدموع، ومدافع المياه، وبنادق الخرطوش، والرصاص المطاطي، والذخيرة الحية ضد المتظاهرين، حتى في العديد من الحالات التي لم يشكل المتظاهرون بها خطراً على تلك القوات"، بحسب المعلومات التي جمعتها في مصر. وأشارت إلى أن "محاكم مصر ما زالت ماضية في تبرئة ساحة كبار المسؤولين وضباط الأمن، وأصدرت في بعض القضايا أحكام براءة لاعتبارات تتعلق بنقص الأدلة أو لأن المحكمة قد ارتأت أن المتهمين كانوا يمارسون حقهم في الدفاع عن النفس، بالرغم من توافر أدلة جيدة التوثيق بما يثبت لجوء الشرطة إلى استخدام القوة المفرطة والمميتة، حتى في الحالات التي لم يكن ذلك ضرورياً". وقالت حسيبة حاج صحراوي، نائبة مدير برنامج الشرق الأوسط وشمال إفريقيا في منظمة العفو "إن الرئيس محمد مرسي عبّر أكثر من مرة عن إشادته بالذين سقطوا في "ثورة 25 يناير" وتوقيره لهم، بيد أن التحركات الفعالة التي تم القيام بها في سبيل مقاضاة المسؤولين عن مقتلهم قليلة، ولكن في واقع الأمر وبعد مضي عامين على الانتفاضة، يظهر أن قوات الأمن نجحت في الإفلات من العقاب على ما ارتكبته من جرائم القتل العمد". وأضافت صحراوي أن مرسي "لا يظهر أنه يبذل الكثير للنأي بنفسه عن عقود من الانتهاكات من خلال عدم حرصه على ضمان معاقبة الجناة". وأشارت منظمة العفو الدولية إلى أن مرسي، وبعد فترة وجيزة من تسلمه مقاليد الحكم في حزيران/يونيو 2012، شكّل لجنةً لتقصي الحقائق للنظر في حوادث قتل المحتجين وإصابتهم التي وقعت قبل تسلمه لمهام منصبه. وقالت صحراوي "يجدر بالرئيس مرسي أن يترجم وعوده إلى واقع ملموس ويبرهن على تحليه بإرادة سياسية قوية تهدف إلى إقامة العدل على صعيد انتهاكات حقوق الإنسان".