دخلت العلاقات السودانية - الأوغندية مرحلة جديدة من التوتر بعد ان طردت حكومة الرئيس يوري موسوفيني في كمبالا 50 مراقباً عسكرياً سودانياً من شمال أوغندا. وكانت كمبالا والخرطوم وقعتا اتفاقاً امنياً بينهما، عقب وصول الفريق عمر حسن البشير الى الحكم، يقضي بتكليف خبراء عسكريين من الطرفين، يقيم كل منهما لدى الطرف الآخر، السهر على أمن الحدود المشتركة للحيلولة دون انطلاق عمليات عسكرية. وشكل الاتفاق، في حينه، مكسباً سياسياً للجانبين مكن الحكومة الأوغندية من محاصرة المعارضة السياسية المقيمة في السودان ومنعها من شن عمليات عسكرية انطلاقاً من الأراضي السودانية، فيما حصلت الحكومة السودانية على حياد الرئيس موسوفيني الذي تربطه بالعقيد جون قرنق، زعيم "الحركة الشعبية لتحرير السودان" صداقة قديمة. وقبل "ثورة الانقاذ" في السودان كان قرنق يحظى بدعم سياسي وعسكري كبير من أوغندا، لا سيما بعد انهيار نظام منغستو هيلا مريام في أثيوبيا، الأمر الذي أقلق الخرطوم. في الوقت نفسه فتح السودان أبوابه أمام انصار الرئيس الأوغندي السابق عيدي أمين الذين استخدموا جنوب السودان لشن عمليات عسكرية على قرى شمال أوغندا، حيث لا تحظى حكومة موسوفيني بشعبية كبيرة. وعندما تشكلت لجنة وساطة ايغاد المنظمة الحكومية لمكافحة التصحر والجفاف من اوغندا وكينيا واثيوبيا واريتريا وجيبوتي لرعاية مفاوضات السلام السودانية العام الماضي لم تعترض الخرطوم على رغم مساندة أوغندا وكينيا للعقيد قرنق، لأنها اعتبرت ان الحل الافريقي، بعد فشل مساعي نيجيريا يبقى على سلبياته المعروفة بالنسبة اليها، أفضل بكثير من الحل الدولي والانتقال بالملف الى مجلس الأمن. غير ان الخرطوم لم تستطع ان تنسى العلاقات الخاصة بين موسوفيني وقرنق، لذلك تركزت الحملات العسكرية التي قام بها الجيش السوداني على استرداد كل المدن والقرى في جنوب البلاد المتاخمة للحدود الأوغندية بهدف اقفال خطوط الامدادات التي تقول الحكومة السودانية ان كمبالا تستخدمها لايصال الذخيرة والمؤن الى "الجيش الشعبي". حتى ان الاصرار على الحل العسكري طبع مفاوضات السلام الأخيرة في نيروبي، عندما رفضت الحكومة السودانية البحث في نقطتين تضمنتها التوصيات التي وضعتها لجنة "ايغاد" وهما: العلاقة بين الدين والدولة وحق تقرير المصير، ما دفع موسوفيني الى اتهام السودان بأنه المسؤول الأول عن فشل المفاوضات، ولذلك طالب الرئيس الأوغندي الأممالمتحدة بفرض عقوبات على الخرطوم. ورد الفريق البشير مشككاً بحياد أوغندا. وحتى الأيام الأخيرة التي تلت قرار أوغندا طرد المراقبين العسكريين السودانيين من اراضيها لم تعترف الخرطوم بتردي علاقاتها مع كمبالا، في وقت تقول مصادر سودانية ان هناك حملة عسكرية كبيرة يعد لها الجيش السوداني لاسقاط المعاقل الأخيرة للحركة الشعبية قرب الحدود الأوغندية.