نصت وثيقة السلام الافريقية في نسختها المعدلة على منصب مساعد لرئيس الجمهورية للمتمردين في دارفور مع توسيع صلاحياته ليكون ضمن مؤسسة الرئاسة ويكون مسؤولاً عن السلطة الانتقالية لإقليم دارفور ومشرفاً على تطبيق اتفاق السلام ومنسقاً مع الحكومة المركزية، على ان يكون له حق النقض"الفيتو"في حال نشوب خلاف في تطبيق الاتفاق بين السلطة الانتقالية للإقليم وحكومات ولايات دارفور، بينما تكون المرجعية لرئيس الجمهورية في حال نشوب خلاف بين مساعد الرئيس وأي من ولاة دارفور الثلاثة. كما نصت على السلطة الانتقالية لدارفور، على ان تتكون هذه السلطة من حكام الولايات الثلاث ورؤساء المفوضيات التي ستنشأ بموجب الاتفاق، على ان تكون رئاستها للحركات المتمردة. وأقرت الورقة مبدأ التعويض الفردي على ان تساهم الحكومة فيه بمبلغ مالي لم يتم تحديده. وفي محور الترتيبات الأمنية، دعت الوثيقة الى دمج 4 آلاف من قوات المتمردين في القوات المسلحة وألف في الشرطة مع إعادة تأهيل 3 آلاف آخرين للانخراط في الحياة المدنية، وطالبت بتجريد ميليشيا"الجنجاويد"والدفاع الشعبي والميليشيات الأخرى من اسلحتهم وآلياتهم الثقيلة وتجميعهم في مراكز يتم تحديدها والسيطرة عليهم. وشددت، في الوقت نفسه، على الالتزام بعدم خرق اتفاق وقف اطلاق النار، والاعتداء على المدنيين، وعلى الحركات المسلحة، على ان يتم ذلك بمساعدة الاتحاد الأفريقي. ودعت الوثيقة أطراف صراع دارفور الى الإقرار بأن القوات الأجنبية تهدد استقرار البلاد والدول المجاورة، ولذا فإن عليها العمل على تجريدها من سلاحها وطردها من الأراضي السودانية في أقرب وقت ممكن، في إشارة الى المعارضة التشادية. وفي محور الحكم المحلي، منحت الوثيقة الحركات المسلحة ثلاثة وزراء ومثلهم من وزراء الدولة في الحكومة الاتحادية، ومنصب حاكم على إحدى ولايات دارفور واثنين من نواب حكام الولايتين الاخريين، وستة محافظين ومثلهم من الضباط التنفيذيين الذين ينوبون عنهم في المحليات في الولايات الثلاث من بين 21 معتمداً موجودين الآن، بالاضافة الى تمثيل الحركات ب23 شخصاً في الوظائف العليا في المحليات مع رفع نسبة تمثيلها في المجالس التشريعية لولايات دارفور ب18 عضواً. وفي جانب اقتسام الثروة اقترحت الوثيقة انشاء صندوق للتعمير، توفر الحكومة 300 مليون دولار كخطوة أولى، و30 مليون دولار كل عام على ان يتعهد الوسطاء بدفع مبالغ محددة عبر مؤتمر دولي، الى جانب تحديد نسبة من الدخل القومي توجه الى التنمية والإعمار في الإقليم.